Stage M2

 

Stage de Master 2

2024-2025

 

 

Tire du projet : Evaluation du vieillissement de l’audition chez un poisson modèle émergent, le turquoise killifish

 

Equipes de recherche, lieux :

Enes, CRNL, Saint-Etienne

Metabolink, RESTORE, Toulouse

 

Superviseurs : Joël ATTIA, Jean-Philipe PRADERE

 

Durée du stage : 6 mois à temps complet, de janvier à juin 2025 ; démarrage à l’ENES, suite et fin à METABOLINK

 

Contexte et description du projet :

Le projet associe un modèle animal original émergent, le poisson turquoise killifish, une méthodologie basée sur un test go / no go automatisé et une problématique à visée fondamentale et appliquée, l’étude du vieillissement de l'audition chez les vertébrés. Le turquoise killifish possède la particularité d'une durée de vie très brève pour un vertébré, de l’ordre de quelques mois. Il offre donc la possibilité d'étudier en un temps record chez un vertébré, l'impact du vieillissement sur de nombreuses grandes fonctions. Grâce à une interface spécifique mise au point par un doctorant de l'ENES, Théophile Turco, il sera possible de mesurer l'audition de ce poisson au cours du temps, i. e. définir le range de fréquences audibles et la sensibilité auditive à chaque fréquence chez des individus jeunes et âgés. La première étape du projet consistera à se familiariser avec l’appareillage et les techniques de bioacoustique dans l’équipe ENES (playback, propagation, calibration, etc.). La partie expérimentale sur le killifish s’effectuera à Toulouse, dans l’équipe Metabolink.

 

Profil recherché

L’étudiant.e recruté.e devra être motivé.e, rigoureux.se et avoir une bonne capacité d’organisation et de travail en autonomie. Il/elle devra manipuler quotidiennement des poissons pour les expériences. Une expérience en bioacoustique sera un plus mais n’est pas obligatoire.

 

Merci d'envoyer CV et lettre de motivation à : Joël Attia (attia@univ-st-etienne.fr) et Jean-Philippe Pradère (jean-philippe.pradere@inserm.fr)

Vous pouvez joindre des lettres de recommandation émanant de vos anciens superviseurs de stage si vous le souhaitez.

 

Mots clés : bio-acoustique, poisson, audition, test go / no go, vieillissement

 

Méthodes : analyse comportementale, analyse acoustique, analyse statistique

 

Gratification : 6 mois (650 euros/mois environ)

 

Offre stage M1 avril 2025

Flexibilité cognitive et modalités sensorielles chez des abeilles solitaires et sociales : évaluation comportementale
Encadrants : Hugo Vey-Payre (doctorant), Raphaël Jeanson et Jean-Marc Devaud
hugo.vey-payre@univ-tlse3.fr - raphael.jeanson@univ-tlse3.fr - jean-marc.devaud@univ-tlse3.fr
Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Centre de Biologie Intégrative Université Paul Sabatier, Toulouse
La socialité est présente dans tous les taxons, depuis les agrégats indifférenciés jusqu'aux sociétés hautement intégrées. On s'attend à ce que le fait de vivre seul ou en groupe détermine le niveau de flexibilité comportementale, car le contexte social est susceptible d'imposer des défis cognitifs différents aux individus. Nous émettons l'hypothèse que le découplage entre les activités reproductives et non reproductives chez les espèces eusociales est accompagné d'un besoin réduit de flexibilité comportementale, soutenu par une plus faible expression de la plasticité cérébrale par rapport aux individus solitaires. La flexibilité comportementale, définie comme la capacité d'un animal à adapter son comportement à des conditions environnementales changeantes, peut être évaluée dans des conditions de laboratoire contrôlées, en utilisant des tâches appropriées telles que l’inversion de consigne.
Notre objectif est de caractériser et de comparer les niveaux de flexibilité comportementale et de plasticité cérébrale entre deux espèces d’abeille : Apis mellifera, une espèce eusociale bien étudiée et utilisée comme modèle pour les études sur la cognition, et Osmia bicornis, qui est utilisée comme aide à la pollinisation et dont les capacités cognitives ont été beaucoup moins étudiées. En outre, nous comparons les performances cognitives des mâles et des femelles chez les abeilles solitaires, un aspect qui n'a pas reçu beaucoup d'attention. Une première série d’expériences a permis de mettre en évidence des différences notables de performances, entre mâles et femelles Osmia bicornis, et entre femelles Osmia bicornis et Apis mellifera. Ces résultats ont été obtenus en utilisant une tâche d’inversion de consigne basée sur l’apprentissage de stimuli visuels (en conditions contrôlées au laboratoire), et donc nous souhaitons déterminer si ces différences peuvent être généralisées à d’autres modalités sensorielles.
L’objectif de ce stage consiste donc à tester l’hypothèse selon laquelle les différences mises en évidence jusqu’à présent ne sont pas limitées à une modalité sensorielle spécifique. Dans ce but, il s’agira de réaliser des expériences comportementales en laboratoire, toujours sur la base d’un protocole d’inversion de consigne, mais en utilisant cette fois des stimuli olfactifs, afin de comparer les performances entre sexes (chez Osmia bicornis) et entre les deux espèces.
Techniques utilisées : tests comportementaux d’apprentissage (principalement en laboratoire), analyse statistiques
Compétences requises : rigueur dans la réalisation d’expériences comportementales, pas de crainte associée à la manipulation des abeilles, persévérance, esprit d’équipe, autonomie

Offre de stage M2 comportement/cognition/BEA

 Offre de stage
Stage M2 / ingénieur.e agronome « Validation d’une grille d’indicateurs de comportements/tempéraments en lien avec le picage pour deux souches de poules pondeuses à un stade précoce »
Période du stage Stage conventionné de 6 mois, à temps plein – Avril à Septembre 2025
(dates flexibles ± 1 mois)
Localisation Ploufragan (Saint-Brieuc, 22)
L’AGENCE
L'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) assure des missions de veille, d'expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être animal, et la santé végétale. Elle offre une lecture transversale des questions sanitaires et appréhende ainsi, de manière globale, les expositions auxquelles l'Homme peut être soumis à travers ses modes de vie et de consommation ou les caractéristiques de son environnement, y compris professionnel.
L’Anses informe les autorités compétentes, répond à leurs demandes d'expertise. L'Agence exerce ses missions en étroite relation avec ses homologues européens.
DESCRIPTION DU STAGE
Entité d’accueil Unité Epidémiologie, Santé et Bien Etre (EPISABE) - Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort.
L’unité EPISABE mène des travaux de recherche scientifiques dans les domaines du bien-être animal, de la santé animale et de la santé publique vétérinaire. En bien-être animal, les sujets portent notamment sur les systèmes d’élevage, la relation homme-animal, l’enrichissement de l’environnement et le développement d’outils et de méthodes adaptées aux besoins des thématiques traitées.
Objectif La filière de production des œufs est en pleine mutation, avec l’abolition progressive à la fois de l’élevage en cages mais aussi de pratiques pouvant compromettre le bien-être des animaux. L’épointage du bec chez la poule pondeuse, une pratique consistant à cautériser l'extrémité du bec à l’aide d’un rayon laser, potentiellement douloureuse, a déjà été interdite dans plusieurs pays. Elle reste cependant couramment utilisée en France pour limiter les effets du picage sévère en élevage, tels que le cannibalisme.
L’arrêt de l’épointage s’avère compliqué, car les quelques initiatives actuelles (enrichissement du milieu, contrôle de l’intensité lumineuse, apports nutritionnels spécifiques) ne permettent pas de limiter suffisamment le risque de picage sévère chez les poules non épointées. Pour limiter son apparition, il est nécessaire de mettre en place le plus précocement possible des actions préventives. Or, les méthodes actuelles pour détecter précocement les problèmes de picage, telles que la dégradation de l’état du plumage ou l’observation de comportements agressifs, s’avèrent trop tardives pou anticiper les épisodes de picage et intervenir efficacement pour les limiter. L’enjeu est ainsi d’agir le plus tôt possible grâce à des observations comportementales en lien avec le niveau de tempérament “piqueur” des animaux. Le projet PECK-LESS, en collaboration avec plusieurs partenaires, a pour ambition de proposer un outil d’évaluation du risque de picage chez la poule à un stade précoce. Cet outil repose sur une grille d’évaluation du comportement des poulettes.
L’Anses en chiffres
 1400 agents et 800 experts extérieurs
 Budget annuel : 141 millions d’euros
 Plus de 14 000 avis émis depuis l’origine (1999)
 66 mandats de référence nationale
 394 publications scientifiques par an
 Plus de 100 doctorants et post-docs
Pour en savoir plus : www.anses.fr
 

Principales activités
Lors de ce stage vous serez amené.e à :
- Faire et compléter la recherche bibliographique pour vous approprier le sujet et développer le protocole expérimental.
- Participer à l’expérimentation qui sera conduite au SELEAC (Service d’Elevage et d’Expérimentation Avicole et Cunicole) de l’ANSES qui visera à tester la validité et la faisabilité d’une grille de prédiction du picage développée par l’INRAe. Cette grille répertoriera des indicateurs comportementaux/de tempéraments reliés à une propension plus ou moins forte de l’individu à piquer. Elle sera appliquée à deux souches de poules (blanche et rousse).
- Collecter, traiter et analyser des données à l’issue de l’expérimentation (observation du comportement des animaux, en direct et/ou en différé par vidéo).

PROFIL RECHERCHÉ
Diplôme en cours Master 2 Ethologie/ Ingénieur.e Agronome (Bac+5)
 

Compétences 

 Compétences en analyses de données sous R
 Intérêt pour le bien-être et le comportement des poules pondeuses
 Rigueur, autonomie, sens de l’observation et de l’organisation, esprit critique, esprit d’équipe
 Qualités rédactionnelles (français et anglais)
 

POUR POSTULER
Date limite de réponse : 04/12/2024
Renseignements sur le stage : Aude Kleiber (Post-doctorante, ANSES) & Maryse Guinebretière (Chercheuse, ANSES) - Unité Epidémiologie, Santé et Bien-Etre, Laboratoire ANSES de Ploufragan (22)
Adresser les candidatures par courriel (lettre de motivation + CV + précision des dates de stage) en indiquant la référence Stage-2024-023 à : aude.kleiber@anses.fr et maryse.guinebretiere@anses.fr

Research Assistant in Dindefelo

 Position
Research Assistant

Hiring Organization
The Jane Goodall Institute Spain in Senegal 

Study Area
Following Dr. Jane Goodall's scientific work and humanitarian vision, since 2009 the Jane Goodall Institute Spain (JGI Spain) has carried out conservation and research programmes of chimpanzees in southeastern Senegal, as well as sustainable development and environmental education projects with the local human population. The aim of the JGI Spain in this area is the conservation of the western chimpanzee (Pan troglodytes verus), a Critically Endangered subspecies with no more than 500 individuals inhabiting Senegal. Their main threats in this area are deforestation and habitat fragmentation. At the same time, the JGI Spain carries out agroforestry and sustainable development projects to improve the livelihoods of the local human population and to assist them in the management of natural resources

The main study site is located within the Dindefelo Community Nature Reserve (DCNR) in the south-east of Senegal, bordering Guinea. The reserve was created in 2010 with the assistance of the JGI Spain, and it is run by the local Management Committee  and it is an important habitat for these Critically Endangered chimpanzees, among other wildlife including six primate species. The JGI Dindefelo Biological Station is located in the DCNR. This area and other two in the neighbouring regions of Dimboli and Fongolimbi make up the current JGI study area in Senegal.

Position description
The successful candidate will be responsible for managing research activities conducted in the study area. She/he will be working with local field assistants, students, volunteers and researchers, with the guidance of the research coordinator in the field. The research codirectors of the JGI Spain will overview all the work.

Responsibilities

• To participate as team leader during regular field activities and indirect chimpanzee monitoring (including being responsible for equipment and materials, data collection and logistics)
• To overview successful camera trap monitoring (including installation and maintenance) in the field
• To store and overview of images and video footage from camera traps
• To train and overview the work of the local team in charge of the first encoding of the camera trap images
• To keep camera trap databases up to date
• To conduct data analyses
• To perform land cover analysis using GIS
• To identify chimpanzee individuals from camera trap footage
• To periodically update the inventory of material and equipment
• To implement research protocols for the different research projects
• To submit monthly reports
• To attend monthly research meetings in Dindefelo with the research team
• To collaborate with other JGIS departments if needed

Requirements
The successful candidate must:

• Hold a Master’s degree in biology, primatology, evolutionary anthropology, wildlife conservation, or related fields
• Have at least two years of field work experience in remote areas, preferably in Africa
• Have good knowledge of technologies (software and applications) such as ArcGIS Survey 123, Forest Watch and Mapsource
• Have previous experience with camera trapping
• Have good knowledge of satellite image analysis with GIS
• Possess experience in conducting statistical analyses
• Have very good language skills in French and English (oral and written). Willingness to learn the local language is a plus
• Be healthy and fit, both physically and mentally. Being in top physical condition is required for hiking in difficult and steep terrain, over long distances, in harsh weather conditions (extreme heat or rain)
• Have excellent organizational skills
• Be analytical and able to meet deadlines
• Have the ability to work under stressful and harsh conditions
• Have strong social skills, a sense of leadership and a strong motivation to take on responsibility
• Have a positive attitude and be able to deal with stress
• Have the ability to work in multicultural environments. Be respectful and sensitive to cultural differences, especially in the context of rural Muslim traditional remote villages

Salary and funding:
Monthly stipend to be negotiated according to the profile and experience of the candidate.Basic lodging and food will be provided. The chosen candidate will be based in the village of Dindefelo (1,500 inhabitants), which is the main village in the Commune de Dindefelo, and will be mainly based at the JGI Biological Station in Dindefelo. This station is equipped with electricity generated by solar panels, kitchen with fridge, filtered water, lab, garden and tree nurseries, workspace, resting areas and toilet (no-running water). The village has a health post, small shops and local restaurants, as well as lodges for tourists who come to see the highest waterfall in Senegal. The closest city is Kedougou (a 40-min drive), which hosts supermarkets, hotels, and hospitals.
Possibility for flight ticket reimbursement after completion of 12 months in the field.
Visa renewal included.

Term of Appointment
One-year duration (initial three-month trial period) with possibility of renewal

How to apply
Please send a CV and a motivation letter. Please include the name and email address of three referees.

Please send your application to Laia Dotras (laia.dotras@janegoodall.es)
Deadline to receive applications is 31st October 2024. We will notify shortlisted candidates before 10th November 2024. Interviews will be held by Zoom.

Offre de stage M2 ecotoxicologie

 

Offre de stage M2 en écotoxicologie

 
Effets intergénérationnels du lithium sur le raccourcissement des télomères et sur la méthylation de l’ADN de Lymnaea stagnalis

 
Renseignements sur l’institution d’accueil
Laboratoire : UMR DECOD, 65 rue de Saint-Brieuc, Bât. 15, CS 84215, 35042 Rennes Cedex, France
Organisme de rattachement : INRAE

 
Renseignements sur les encadrants
Noms: AIMON Cassandre COUTELLEC Marie-Agnès SADOUL Bastien McCAIRNS Scott
Emploi et fonctions : Post-doctorante Chargée de Recherche Enseignant-chercheur Chargé de Recherche
Adresse électronique :
cassandre.aimon@inrae.fr marie-
agnes.coutellec@inrae.fr
bastien.sadoul@institut-agro.fr  

Scott.McCairns@inrae.fr

 
Contexte et objectifs du stage
Les éléments traces métalliques (ETMs) constituent un défi majeur en écologie et santé publique. Parmi les ETMs, le lithium fait l’objet d’une attention particulière, en raison de l’augmentation prévue de la contamination des milieux aquatiques par le métal dans les prochaines années et de la méconnaissance de ses effets écotoxicologiques. Aujourd’hui, un des principaux défis de l’écotoxicologie est d’intégrer l’impact de tels polluants dans un contexte réaliste multistress, qui résulte des pressions environnementales multiples auxquelles sont exposés les organismes (Anthropocène, changement climatique).
Le présent stage s’intègrera au projet LILY. Le projet LILY repose sur une étude expérimentale de l’impact inter-générationnel du lithium chez la limnée, via l’analyse de la méthylation de l’ADN (régulation épigénétique de l’expression génique, potentiellement transmissible à la descendance) et de la longueur des télomères (marqueur de vieillissement normal mais aussi possiblement induit par l’exposition parentale au stress). Il tire parti du protocole d’un projet déjà en cours (EXTREMES), pour lequel des individus sont exposés de façon chronique au lithium et ce, sous deux températures, l’une standard pour les tests réglementaires (20°C), l’autre correspondant à un scénario de réchauffement climatique (RCP 8.5 ; GIEC). Dans le cadre du stage, les individus élevés en isolement seront mis en couples selon trois modalités par température (lithium-lithium, lithium-témoin, témoin-témoin) durant une période permettant aux deux partenaires de jouer les deux rôles, i.e., mâle et femelle, puis séparés de nouveau en vue de récolter les pontes (espèce hermaphrodite simultanée; vérification des accouplements par vidéo-surveillance). L’origine de chaque descendant pourra ensuite être considérée dans les analyses et l’interprétation des données moléculaires (effet maternel vs paternel).
Les descendants seront ensuite élevés en absence de lithium, à la même température que celle appliquée à leurs parents. Lorsque les individus auront atteint une taille permettant de réaliser les analyses moléculaires, ils seront sacrifiés et leurs ADN extraits. Aux mesures moléculaires réalisées sur les parents et leurs descendants (méthylation ADN, télomères), seront associées des mesures d’état de santé (mesures comportementales et physiologiques : activité et fréquence cardiaque, mouvement de rotation des embryons, taux et durée d’éclosion des pontes, croissance, comportement reproducteur des parents).
LILY bénéficiera directement de la connaissance acquise via le projet EXTREMES, notamment en termes
d’expression génique (données RNAseq), cette expression étant elle-même la cible de régulation de mécanismes épigénétiques tels que la méthylation. Ces données devraient permettre de tester les hypothèses relatives aux modifications épigénétiques qui seront mesurées. L’ensemble apportera de la connaissance fondamentale nouvelle sur les mécanismes moléculaires de la réponse au stress chez une espèce modèle en écotoxicologie et en neurophysiologie.
Missions du stagiaire
Participation à l’expérimentation en milieu contrôlé
Extraction ADN et analyses qPCR
Collecte des données comportementales et physiologiques sur les enregistrements vidéos
Analyses descriptives et statistiques (sous R)
Période et durée du stage
A partir de janvier 2025
Durée du stage : 5 à 6 mois
Gratification
Gratification en fonction de la durée du stage et à hauteur de la somme légale pour les stages en France
(~600 euros/mois)
Profil et compétences attendues
Ce stage est idéal pour un.e étudiant.e. intéressé.e par les réponses des organismes aux perturbations environnementales d’origine anthropique et qui souhaite acquérir des connaissances en écotoxicologie, biologie moléculaire et étude comportementale. De la patience, des capacités d’observation, d’analyse, de synthèse, de rédaction ainsi que des compétences pour le travail en autonomie et en équipe sont attendus.
Une première expérience de manipulation d’individus en conditions contrôlées serait un plus.
Envoyer votre CV accompagné d’une lettre de motivation à
cassandre.aimon@inrae.fr