Equipe INRIA Bambooi
Laboratoire d’accueil : UMR203 INRA - INSA de Lyon, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I)ii
Caractérisation des réseaux de régulation transcriptionelle dans la symbiose trophique entre le puceron du pois Acyrthosiphon pisum et la bactérie Buchnera aphidicola.
Contexte de l’étude. Le puceron du pois est un ravageur notable des cultures de très nombreuses légumineuses en climat tempéré, notamment à cause de son rôle dans la transmission de virus phytopathogènes. Son impact économique fort est lié à sa formidable capacité reproductive (cycle de reproduction parthénogénétique) durant la période estivale.
Très récemment le séquençage du génome du puceron du pois vient d'être achevé et l'annotation par le Consortium International Aphid Genomics, dans lequel l'UMR BF2I participe activement, a été publiée en 20101. Les annotations génomiques sont regroupées dans la base génomique AphidBaseiii développée par l'UMR Bio3P à l'INRA de Rennes.
Notre équipe a plus particulièrement annoté les gènes métaboliques et les transporteurs du puceron du pois. Ces annotations sont rassemblées dans une base de données dédiée AcypiCyciv que nous avons développée dans le but de reconstruire et d'étudier le réseau métabolique du puceron et de sa bactérie symbiotique. Enfin, nous avons développé avec la société NimbleGen une puce à ADN comprenant environ 23 000 gènes du puceron. La disponibilité de ces outils d’analyse génomique doit permettre le développement de stratégies innovatrices de recherche en génomique fonctionnelle ayant comme but de mieux comprendre la biologie de cet insecte pour mieux le contrôler. Plus particulièrement, l’équipe d’accueil travaille sur l’étude des réseaux de régulation qui régissent l’association symbiotique trophique entre A. pisum et la bactérie Buchnera aphidicola (pour une revue récente sur les symbioses procaryotes – animaux voir Moya et al.2).
Projet de thèse. Le projet de recherche est centré sur l’étude et la caractérisation de la régulation transcriptionelle du puceron du pois face à des stress nutritionnels et de son interaction avec la bactérie symbiotique Buchnera aphidicola qui lui fournit les acides aminés essentiels absents de son alimentation, la sève phloemienne. Le travail de thèse sera centré sur l’intégration des données expérimentales de type transcriptomique avec une caractérisation in silico des réseaux de régulation. Premièrement, une caractérisation de la réponse transcriptionelle à une carence en acides aminés comparativement à un milieu de culture complet (Ap33) sera réalisée. La première phase prévoit une analyse des données cinétiques sous Rv (outils Projet Bioconductorvi) et à l’aide de la base de données AcypiCyc. Cette analyse sera ensuite complétée par des analyses bioinformatiques pour la characterisation de facteurs de transcription pour permettre une première reconstruction du réseau de régulation de la transcription chez le puceron du pois. Cette reconstruction sera aussi enrichie par l’analyse expérimentale des petits ARNs (par la technologie RNAseq) en réponse au stress nutritionnel. Ce travail de thèse s’inscrit dans un projet plus vaste de biologie systémique (SISYPHE : Species Identity and SYmbiosis Formally and Experimentally explored) et intègre une collaboration avec des bioinformaticiens spécialistes notamment de l’analyse des réseaux. Les données acquises dans cette thèse pourront servir de benchmark pour la validation des différents algorithmes développés dans le projet SISYPHE.
Bibliographie
1. The International Aphid Genomics Consortium. Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum. PLoS Biol. 8, e1000313 (2010).
2. Moya, A., Pereto, J., Gil, R. & Latorre, A. Learning how to live together: genomic insights into prokaryoteanimal symbioses. Nat. Rev. Genet. 9, 218-229 (2008).
3. Febvay, G., Rahbé, Y., Rynkiewicz, M., Guillaud, J. & Bonnot, G. Fate of dietary sucrose and neosynthesis of amino acids in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, reared on different diets. J. Exp. Biol. 202, 2639-2652 (1999).
Profil du candidat
Le projet s’adresse à un(e) étudiant(e) motivé(e) par des approches de génomique, avec un intérêt particulier pour les réseaux métaboliques et la régulation de la transcription. Une compétence en analyse des données et /ou en modélisation est fortement souhaitée. La personne recrutée travaillera au laboratoire BF2I en lien direct avec les chercheurs INRIA de l’équipe Bamboo du laboratoire LBBE, Université Claude Bernard Lyon 1.
Financement
Cette thèse INRIA s’inscrit dans le cadre du projet de Marie-France Sagot intitulé SISYPHE (Species Identity and SYmbiosis Formally and Experimentally explored) et financée pour 3 ans par le Conseil Européen pour la Recherche (ERC Advanced Grants). Le montant de l’allocation est d’environ 1750 euros/mois (brut).
Candidature
Les personnes intéressées sont invitées à envoyer une lettre de motivation, accompagnée d’un Curriculum Vitae, d’une description des expériences de recherche et le nom et adresse d’un ou plusieurs référents avant le 15 Juin 2010.
Pour informations complémentaire et pour la candidature contacter :
Stefano Colella vii
INRA - Chargé de Recherche (CR2)
UMR203 BF2I, équipe – « Symbiose : Génomique Fonctionnelle des Interactions Trophiques »
Tél : +33 (0)4 72 43 84 76 ; E-mail : stefano.colella@lyon.inra.fr
Marie-France Sagot
INRIA – Directeur de Recherche (DR1)
Equipe INRIA Bamboo
Tél : +33 (0)4 72 43 13 88 ; E-mail : Marie-France.Sagot@inria.fr
i http://prabi2.inrialpes.fr/bamboo/
ii http://bf2i.insa-lyon.fr
iii http://www.aphidbase.com
iv http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cycads/acypicyc/home.html
v http://www.r-project.org/
vi http://www.bioconductor.org/
vii http://sites.google.com/site/stevatravaggio/
Laboratoire d’accueil : UMR203 INRA - INSA de Lyon, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I)ii
Caractérisation des réseaux de régulation transcriptionelle dans la symbiose trophique entre le puceron du pois Acyrthosiphon pisum et la bactérie Buchnera aphidicola.
Contexte de l’étude. Le puceron du pois est un ravageur notable des cultures de très nombreuses légumineuses en climat tempéré, notamment à cause de son rôle dans la transmission de virus phytopathogènes. Son impact économique fort est lié à sa formidable capacité reproductive (cycle de reproduction parthénogénétique) durant la période estivale.
Très récemment le séquençage du génome du puceron du pois vient d'être achevé et l'annotation par le Consortium International Aphid Genomics, dans lequel l'UMR BF2I participe activement, a été publiée en 20101. Les annotations génomiques sont regroupées dans la base génomique AphidBaseiii développée par l'UMR Bio3P à l'INRA de Rennes.
Notre équipe a plus particulièrement annoté les gènes métaboliques et les transporteurs du puceron du pois. Ces annotations sont rassemblées dans une base de données dédiée AcypiCyciv que nous avons développée dans le but de reconstruire et d'étudier le réseau métabolique du puceron et de sa bactérie symbiotique. Enfin, nous avons développé avec la société NimbleGen une puce à ADN comprenant environ 23 000 gènes du puceron. La disponibilité de ces outils d’analyse génomique doit permettre le développement de stratégies innovatrices de recherche en génomique fonctionnelle ayant comme but de mieux comprendre la biologie de cet insecte pour mieux le contrôler. Plus particulièrement, l’équipe d’accueil travaille sur l’étude des réseaux de régulation qui régissent l’association symbiotique trophique entre A. pisum et la bactérie Buchnera aphidicola (pour une revue récente sur les symbioses procaryotes – animaux voir Moya et al.2).
Projet de thèse. Le projet de recherche est centré sur l’étude et la caractérisation de la régulation transcriptionelle du puceron du pois face à des stress nutritionnels et de son interaction avec la bactérie symbiotique Buchnera aphidicola qui lui fournit les acides aminés essentiels absents de son alimentation, la sève phloemienne. Le travail de thèse sera centré sur l’intégration des données expérimentales de type transcriptomique avec une caractérisation in silico des réseaux de régulation. Premièrement, une caractérisation de la réponse transcriptionelle à une carence en acides aminés comparativement à un milieu de culture complet (Ap33) sera réalisée. La première phase prévoit une analyse des données cinétiques sous Rv (outils Projet Bioconductorvi) et à l’aide de la base de données AcypiCyc. Cette analyse sera ensuite complétée par des analyses bioinformatiques pour la characterisation de facteurs de transcription pour permettre une première reconstruction du réseau de régulation de la transcription chez le puceron du pois. Cette reconstruction sera aussi enrichie par l’analyse expérimentale des petits ARNs (par la technologie RNAseq) en réponse au stress nutritionnel. Ce travail de thèse s’inscrit dans un projet plus vaste de biologie systémique (SISYPHE : Species Identity and SYmbiosis Formally and Experimentally explored) et intègre une collaboration avec des bioinformaticiens spécialistes notamment de l’analyse des réseaux. Les données acquises dans cette thèse pourront servir de benchmark pour la validation des différents algorithmes développés dans le projet SISYPHE.
Bibliographie
1. The International Aphid Genomics Consortium. Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum. PLoS Biol. 8, e1000313 (2010).
2. Moya, A., Pereto, J., Gil, R. & Latorre, A. Learning how to live together: genomic insights into prokaryoteanimal symbioses. Nat. Rev. Genet. 9, 218-229 (2008).
3. Febvay, G., Rahbé, Y., Rynkiewicz, M., Guillaud, J. & Bonnot, G. Fate of dietary sucrose and neosynthesis of amino acids in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, reared on different diets. J. Exp. Biol. 202, 2639-2652 (1999).
Profil du candidat
Le projet s’adresse à un(e) étudiant(e) motivé(e) par des approches de génomique, avec un intérêt particulier pour les réseaux métaboliques et la régulation de la transcription. Une compétence en analyse des données et /ou en modélisation est fortement souhaitée. La personne recrutée travaillera au laboratoire BF2I en lien direct avec les chercheurs INRIA de l’équipe Bamboo du laboratoire LBBE, Université Claude Bernard Lyon 1.
Financement
Cette thèse INRIA s’inscrit dans le cadre du projet de Marie-France Sagot intitulé SISYPHE (Species Identity and SYmbiosis Formally and Experimentally explored) et financée pour 3 ans par le Conseil Européen pour la Recherche (ERC Advanced Grants). Le montant de l’allocation est d’environ 1750 euros/mois (brut).
Candidature
Les personnes intéressées sont invitées à envoyer une lettre de motivation, accompagnée d’un Curriculum Vitae, d’une description des expériences de recherche et le nom et adresse d’un ou plusieurs référents avant le 15 Juin 2010.
Pour informations complémentaire et pour la candidature contacter :
Stefano Colella vii
INRA - Chargé de Recherche (CR2)
UMR203 BF2I, équipe – « Symbiose : Génomique Fonctionnelle des Interactions Trophiques »
Tél : +33 (0)4 72 43 84 76 ; E-mail : stefano.colella@lyon.inra.fr
Marie-France Sagot
INRIA – Directeur de Recherche (DR1)
Equipe INRIA Bamboo
Tél : +33 (0)4 72 43 13 88 ; E-mail : Marie-France.Sagot@inria.fr
i http://prabi2.inrialpes.fr/bamboo/
ii http://bf2i.insa-lyon.fr
iii http://www.aphidbase.com
iv http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cycads/acypicyc/home.html
v http://www.r-project.org/
vi http://www.bioconductor.org/
vii http://sites.google.com/site/stevatravaggio/