mercredi 7 novembre 2018

Stage

Évaluer et améliorer la perméabilité écologique routière : le suivi des passages à
faune pour les amphibiens
Niveau : Stage de M2 gratifié
Durée : 5 à 6 mois en 2019
Encadrant : Dr. Jonathan Jumeau
Structure d’accueil : Conseil Départemental du Bas-Rhin
Profil souhaité : l’amour de la technique et rigueur scientifique
Contact : 03 68 33 84 48 / 06 07 62 33 63, mail : jonathan.jumeau@bas-rhin.fr
Contexte scientifique
La  modification  des  habitats  est  la  première  cause  du  déclin  des  espèces.  Parmi  ses  différents
acteurs, la fragmentation éco-paysagère est une réalité dans notre pays et est notamment médiée
par les infrastructures linéaires de transport.  La France possède  un des  réseaux  routiers  les  plus
développés  au monde, induisant un taux élevé de collisions entre usagers et faune sauvage. Pour
pallier à ce problème couteux tant en vies humaines que financièrement, des clôtures à faune sont
installées  mais  elles  créent  une  discontinuité  génétique forte  des populations.
Le  taux  de  consanguinité  et  la  dérive  génétique  augmentent  au  fil  des
générations  et  les  populations  déclinent.  Concernant  les  populations
d’amphibiens, si le risque pour l’usager est bien maigre, l’impact des collisions est
immense sur la viabilité des amphibiens. Une simple route de campagne située sur
un  corridor  de  dispersion  peut  décimer  en  quelques  années  l’intégralité  des
effectifs.
Afin d’éviter ces  phénomènes d’extinction, les maîtres  d’ouvrages  ont  obligation  de restaurer les
continuités  écologiques  au  niveau  des  réseaux  routiers  et  autoroutiers.  Pour  cela,  des  passages
transversaux, dit « à faune » sont installés. Le coût de ces passages peut se chiffrer en millions et il
est ainsi nécessaire de comprendre les attentes de la faune utilisatrice pour les positionner et les
concevoir  au  mieux.  Pour  se  faire,  les  écologues  effectuent  des  suivis  de  fréquentation  via
différentes techniques mais celles-ci omettent généralement les espèces « à sang froid » telles que
les amphibiens ou les reptiles. En effet, le principal outil de suivi est le piège photographique, basé
sur  les  infrarouges  passifs.  Pas  terrible  pour  des  espèces  ayant  la  même  température  que  leur
envrionnement !
Travail attendu de R&D
Pourtant, il existe d’autres techniques qu’il s’agira dans un premier temps de rassembler dans une
analyse de l’existant et qui pourra servir à tous les maîtres d’ouvrages confrontés à ce problème.
Parmi elles, le technique de photo séquentielle est prometeuse.  Il s’agit de paramètrer  un piège
photographique pour prendre un cliché toutes les X secondes, évitant le recours aux infrarouges
passifs. Les premiers retours de la méthode sont très satisfaisants mais elle souffre d’un problème
de  taille :  l’analyse  de  millions  de  photos  vides.  Immédiatement  vous pensez  à  l’utilisation  d’un
logiciel dédié. Bingo, c’est l’objet de ce stage. Il s’agit de faire tourner ces millions de photos dans
différents logiciels et d’en déduire l’efficacité de chacun d’entre eux (sachant que l’intégralité des
photos a déjà été analysée à la main, une par une, à la lumière tamisée d’une lampe de chevet
avec du metal dans les oreilles). En parallèle, l’efficacité de la méthode est comparée à celle la plus
classique (détection  par  infrarouges  passifs)  et  ce  pour  toute  la  faune  utilisatrice  des  ouvrages
(renards, blaireaux, mulots…).
Contexte professionnel
Cette  recherche  de  la  connaissance  va  de  pair  avec  l’obligation  de  résultats  imposée  au  maître
d’ouvrage. En effet, lors de la construction  d’un passage à faune, le maître d’ouvrage doit prouver
que  son  ouvrage  est  bien  fonctionnel  et  doit  donc  en  effectuer  le  suivi.  C’est  le  cas  du
Département du Bas-Rhin, gestionnaire d’un important réseau de routes  (les RD)  et d’un certain
nombres de passages à faune, dont des passages à amphibiens.
Travail attendu professionnel
Le Département s’interroge sur la pertinence de généraliser le suivi séquentiel aux ouvrages  dont
il  a  obligation  de  suivi.  Il  faudra  mettre  en  regard  l’efficacité  de  la  méthode  aux  moyens
nécessaires  (coûts  logiciels,  temps  passé,  coûts  de  matériel)  et  aux  autres  méthodes  existantes
afin  de  pouvoir  établir  un  cahier  des  charges  type  pour  le  suivi  des  ouvrages  existant/futurs  du
Département.
Profil recherché
Il  s’agit  d’un  stage  de  critique  méthodologique.  Ainsi,  le  candidat  doit  être  rigoureux  dans  le
traitement  des  données  et  dans  la  démarche  scientifique  générale.  Une  publication  scientifique
est également attendue en fin de stage et donc la maitrise de l’anglais écrit est un plus.   Le travail
étant principalement informatique, le candidat doit être bien à l’aise avec cet outil.