Évaluer et améliorer la perméabilité écologique routière : le suivi des passages à
faune pour les amphibiens
Niveau : Stage de M2 gratifié
Durée : 5 à 6 mois en 2019
Encadrant : Dr. Jonathan Jumeau
Structure d’accueil : Conseil Départemental du Bas-Rhin
Profil souhaité : l’amour de la technique et rigueur scientifique
Contact : 03 68 33 84 48 / 06 07 62 33 63, mail : jonathan.jumeau@bas-rhin.fr
faune pour les amphibiens
Niveau : Stage de M2 gratifié
Durée : 5 à 6 mois en 2019
Encadrant : Dr. Jonathan Jumeau
Structure d’accueil : Conseil Départemental du Bas-Rhin
Profil souhaité : l’amour de la technique et rigueur scientifique
Contact : 03 68 33 84 48 / 06 07 62 33 63, mail : jonathan.jumeau@bas-rhin.fr
Contexte scientifique
La modification des habitats est la première cause du déclin des espèces. Parmi ses différents
acteurs, la fragmentation éco-paysagère est une réalité dans notre pays et est notamment médiée
par les infrastructures linéaires de transport. La France possède un des réseaux routiers les plus
développés au monde, induisant un taux élevé de collisions entre usagers et faune sauvage. Pour
pallier à ce problème couteux tant en vies humaines que financièrement, des clôtures à faune sont
installées mais elles créent une discontinuité génétique forte des populations.
Le taux de consanguinité et la dérive génétique augmentent au fil des
générations et les populations déclinent. Concernant les populations
d’amphibiens, si le risque pour l’usager est bien maigre, l’impact des collisions est
immense sur la viabilité des amphibiens. Une simple route de campagne située sur
un corridor de dispersion peut décimer en quelques années l’intégralité des
effectifs.
Afin d’éviter ces phénomènes d’extinction, les maîtres d’ouvrages ont obligation de restaurer les
continuités écologiques au niveau des réseaux routiers et autoroutiers. Pour cela, des passages
transversaux, dit « à faune » sont installés. Le coût de ces passages peut se chiffrer en millions et il
est ainsi nécessaire de comprendre les attentes de la faune utilisatrice pour les positionner et les
concevoir au mieux. Pour se faire, les écologues effectuent des suivis de fréquentation via
différentes techniques mais celles-ci omettent généralement les espèces « à sang froid » telles que
les amphibiens ou les reptiles. En effet, le principal outil de suivi est le piège photographique, basé
sur les infrarouges passifs. Pas terrible pour des espèces ayant la même température que leur
envrionnement !
Travail attendu de R&D
Pourtant, il existe d’autres techniques qu’il s’agira dans un premier temps de rassembler dans une
analyse de l’existant et qui pourra servir à tous les maîtres d’ouvrages confrontés à ce problème.
Parmi elles, le technique de photo séquentielle est prometeuse. Il s’agit de paramètrer un piège
photographique pour prendre un cliché toutes les X secondes, évitant le recours aux infrarouges
passifs. Les premiers retours de la méthode sont très satisfaisants mais elle souffre d’un problème
de taille : l’analyse de millions de photos vides. Immédiatement vous pensez à l’utilisation d’un
logiciel dédié. Bingo, c’est l’objet de ce stage. Il s’agit de faire tourner ces millions de photos dans
différents logiciels et d’en déduire l’efficacité de chacun d’entre eux (sachant que l’intégralité des
photos a déjà été analysée à la main, une par une, à la lumière tamisée d’une lampe de chevet
avec du metal dans les oreilles). En parallèle, l’efficacité de la méthode est comparée à celle la plus
classique (détection par infrarouges passifs) et ce pour toute la faune utilisatrice des ouvrages
(renards, blaireaux, mulots…).
Contexte professionnel
Cette recherche de la connaissance va de pair avec l’obligation de résultats imposée au maître
d’ouvrage. En effet, lors de la construction d’un passage à faune, le maître d’ouvrage doit prouver
que son ouvrage est bien fonctionnel et doit donc en effectuer le suivi. C’est le cas du
Département du Bas-Rhin, gestionnaire d’un important réseau de routes (les RD) et d’un certain
nombres de passages à faune, dont des passages à amphibiens.
Travail attendu professionnel
Le Département s’interroge sur la pertinence de généraliser le suivi séquentiel aux ouvrages dont
il a obligation de suivi. Il faudra mettre en regard l’efficacité de la méthode aux moyens
nécessaires (coûts logiciels, temps passé, coûts de matériel) et aux autres méthodes existantes
afin de pouvoir établir un cahier des charges type pour le suivi des ouvrages existant/futurs du
Département.
Profil recherché
Il s’agit d’un stage de critique méthodologique. Ainsi, le candidat doit être rigoureux dans le
traitement des données et dans la démarche scientifique générale. Une publication scientifique
est également attendue en fin de stage et donc la maitrise de l’anglais écrit est un plus. Le travail
étant principalement informatique, le candidat doit être bien à l’aise avec cet outil.
La modification des habitats est la première cause du déclin des espèces. Parmi ses différents
acteurs, la fragmentation éco-paysagère est une réalité dans notre pays et est notamment médiée
par les infrastructures linéaires de transport. La France possède un des réseaux routiers les plus
développés au monde, induisant un taux élevé de collisions entre usagers et faune sauvage. Pour
pallier à ce problème couteux tant en vies humaines que financièrement, des clôtures à faune sont
installées mais elles créent une discontinuité génétique forte des populations.
Le taux de consanguinité et la dérive génétique augmentent au fil des
générations et les populations déclinent. Concernant les populations
d’amphibiens, si le risque pour l’usager est bien maigre, l’impact des collisions est
immense sur la viabilité des amphibiens. Une simple route de campagne située sur
un corridor de dispersion peut décimer en quelques années l’intégralité des
effectifs.
Afin d’éviter ces phénomènes d’extinction, les maîtres d’ouvrages ont obligation de restaurer les
continuités écologiques au niveau des réseaux routiers et autoroutiers. Pour cela, des passages
transversaux, dit « à faune » sont installés. Le coût de ces passages peut se chiffrer en millions et il
est ainsi nécessaire de comprendre les attentes de la faune utilisatrice pour les positionner et les
concevoir au mieux. Pour se faire, les écologues effectuent des suivis de fréquentation via
différentes techniques mais celles-ci omettent généralement les espèces « à sang froid » telles que
les amphibiens ou les reptiles. En effet, le principal outil de suivi est le piège photographique, basé
sur les infrarouges passifs. Pas terrible pour des espèces ayant la même température que leur
envrionnement !
Travail attendu de R&D
Pourtant, il existe d’autres techniques qu’il s’agira dans un premier temps de rassembler dans une
analyse de l’existant et qui pourra servir à tous les maîtres d’ouvrages confrontés à ce problème.
Parmi elles, le technique de photo séquentielle est prometeuse. Il s’agit de paramètrer un piège
photographique pour prendre un cliché toutes les X secondes, évitant le recours aux infrarouges
passifs. Les premiers retours de la méthode sont très satisfaisants mais elle souffre d’un problème
de taille : l’analyse de millions de photos vides. Immédiatement vous pensez à l’utilisation d’un
logiciel dédié. Bingo, c’est l’objet de ce stage. Il s’agit de faire tourner ces millions de photos dans
différents logiciels et d’en déduire l’efficacité de chacun d’entre eux (sachant que l’intégralité des
photos a déjà été analysée à la main, une par une, à la lumière tamisée d’une lampe de chevet
avec du metal dans les oreilles). En parallèle, l’efficacité de la méthode est comparée à celle la plus
classique (détection par infrarouges passifs) et ce pour toute la faune utilisatrice des ouvrages
(renards, blaireaux, mulots…).
Contexte professionnel
Cette recherche de la connaissance va de pair avec l’obligation de résultats imposée au maître
d’ouvrage. En effet, lors de la construction d’un passage à faune, le maître d’ouvrage doit prouver
que son ouvrage est bien fonctionnel et doit donc en effectuer le suivi. C’est le cas du
Département du Bas-Rhin, gestionnaire d’un important réseau de routes (les RD) et d’un certain
nombres de passages à faune, dont des passages à amphibiens.
Travail attendu professionnel
Le Département s’interroge sur la pertinence de généraliser le suivi séquentiel aux ouvrages dont
il a obligation de suivi. Il faudra mettre en regard l’efficacité de la méthode aux moyens
nécessaires (coûts logiciels, temps passé, coûts de matériel) et aux autres méthodes existantes
afin de pouvoir établir un cahier des charges type pour le suivi des ouvrages existant/futurs du
Département.
Profil recherché
Il s’agit d’un stage de critique méthodologique. Ainsi, le candidat doit être rigoureux dans le
traitement des données et dans la démarche scientifique générale. Une publication scientifique
est également attendue en fin de stage et donc la maitrise de l’anglais écrit est un plus. Le travail
étant principalement informatique, le candidat doit être bien à l’aise avec cet outil.