« Effets des dépérissements de chênes sur la diversité intra- et interspécifique
d'Agriles (Coleoptera, Buprestidae) »
Laboratoire d’accueil : Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (LBLGC),
Université d’Orléans, INRAE USC 1328
Equipe : Entomologie et Biologie Intégrée (EBI)
Directrice de thèse : Stéphanie Bankhead (MCU-HDR)
Co-encadrant : Aurélien Sallé (MCU)
Type de financement : Bourse Région
Début de la thèse : 1er Octobre 2020
École Doctorale : Université d’Orléans, ED « Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant » n°549
Description du sujet de thèse :
Mots-clés : Changement climatique, écosystèmes forestiers, insectes xylophages, génétique des populations, écologie des communautés.
Comprendre l’impact du changement climatique sur la biodiversité nécessite de mettre en évidence les mécanismes biologiques d’adaptation à ce changement, depuis le niveau des organismes, des populations et des espèces, jusqu’à celui des communautés. En effet, à la suite de changements de densités de populations, de processus de dispersion d’individus ou de décalages phénologiques liés au conditions climatiques, des mécanismes de réorganisation des communautés plurispécifiques et multi-trophiques peuvent intervenir en cascade au sein des écosystèmes.
Dans les écosystèmes forestiers, les Agriles (Coleoptera : Buprestidae) forment un genre extrêmement diversifié d’insectes phytophages se développant généralement dans les tissus vivants de l’écorce des arbres.
Dans le contexte des changements globaux, ce groupe de parasites opportunistes jusqu’alors peu étudié a fait l’objet d’une attention particulière ces dernières années. Plusieurs espèces natives d’Europe sont thermophiles et étendent actuellement leur aire de répartition, ce qui peut s’accompagner d’une accentuation de leurs dégâts. Certaines espèces internationalement connues sont des ravageurs invasifs particulièrement dommageables, et plusieurs espèces exotiques sont inscrites sur les listes de quarantaine de l’Union Européenne. Les travaux sur les Buprestidae ont d’ailleurs principalement porté sur Agrilus planipennis, originaire d’Asie, et ravageur majeur des frênes, en Amérique du Nord et en Russie.
Comparativement, les espèces européennes sont peu étudiées malgré l’effet potentiel du changement climatique sur leur distribution et leur rôle essentiel dans les dépérissements de chênes, contribuant à tuer les arbres déjà affaiblis par les sécheresses intenses et récurrentes. Le projet doctoral visera à enrichir les connaissances sur la biologie des populations des espèces européennes et s’intéressera aux effets des dépérissements forestiers sur les populations et les communautés d’Agriles forestiers. Il sera décliné en deux volets :
Le premier volet se focalisera sur l’Agrile du chêne, Agrilus biguttatus, connu comme un facteur aggravant majeur du dépérissement de chênes. Par une approche de génétique des populations, l’influence des dépérissements sur la composition génétique des populations d’A. biguttatus sera évaluée, ce qui s’inscrira Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures INRAE USC1328 dans le cadre plus général de la compréhension des impacts de pullulations sur la diversité intraspécifique des ravageurs. Pour caractériser et quantifier cette diversité génétique à différentes échelles spatiales, le doctorant réalisera des expériences de biologie moléculaire utilisant des marqueurs microsatellites développés dans le cadre du projet CANOPEE, ainsi que les analyses de génétique des populations échantillonnées. En complément, la performance de vol sera appréciée et comparée entre A. biguttatus et d’autres espèces d’Agriles en utilisant des manèges de vol en laboratoire (coll. INRAE URZF). Enfin, une étude de phylogéographie utilisant des marqueurs mitochondriaux pour mieux comprendre la distribution génétique des populations de cette espèce sur son aire de répartition, et retracer ses voies de propagation, pourra être menée à l’aide d’un échantillonnage pan-européen réalisé grâce à des collaborations internationales.
Le second volet correspondra à une approche d’écologie des communautés. Les peuplements dépérissants sont colonisés par des assemblages d’Agriles comptant jusqu’à une dizaine d’espèces, mais les facteurs influant sur la structure et la dynamique de ces communautés sont peu connus. Dans ce cadre, l’étudiant-e s’intéressera à l’effet de l’état sanitaire des peuplements de chênes (i.e., leur degré de dépérissement) de plusieurs déterminants environnementaux considérés à différentes échelles spatiales, de l’arbre au paysage, sur la structure des assemblages d’Agriles et d’autres différentes guildes fonctionnelles d’insectes associés aux canopées. Pour cela l’étudiant-e participera à la collecte de données de terrain et au traitement d’une partie des données en laboratoire (identification taxonomique) dans le cadre du projet CANOPEE. Il-elle réalisera ensuite l’exploitation statistique et l’interprétation de l’ensemble des données collectées, en collaboration avec un autre étudiant en thèse. Dans un deuxième temps l’étudiant-e analysera la dynamique des communautés d’agriles et recherchera les déterminants de leurs fluctuations interannuelles. Pour cela il-elle bénéficiera d’une série temporelle de données acquises lors de deux projets successifs (BUCHE et CANOPEE) et s’échelonnant sur une chronique d’échantillonnage de 5 à 7 années successives.
Financement de la recherche : Cette thèse s’adosse au projet d’intérêt régional CANOPEE (2019-2021).
Organisation :
Le-la doctorant-e sera basé-e au LBLGC à l’Université d’Orléans. Les expérimentations en manège de vols seront réalisées à INRAE (Orléans, Ardon) au sein de l’Unité de Recherche de Zoologie Forestière (URZF). Les analyses d’écologie des communautés seront réalisées en collaboration avec l’Unité Écosystèmes Forestiers (EFNO) de INRAE (Nogent-sur-Vernisson).
Qualités recherchées :
Étudiant-e titulaire d’un Master dans le domaine de l’écologie, avec une expérience dans la recherche en laboratoire (extraction d’ADN, amplification PCR de marqueurs moléculaires) et un goût pour le terrain.
Des connaissances dans l’analyse de données de génétique des populations et d’écologie des communautés seraient appréciées, ainsi que des compétences en entomologie et/ou taxonomie.
Un bon niveau rédactionnel en anglais sera également un atout.
Candidature :
Envoyez au plus tôt (et avant le 25 mars) un CV détaillé, une lettre de motivation, les relevés de notes (Licence + Master 1, et M2 (si connues)), ainsi que les coordonnées de vos encadrants des stages de M1 et M2.
Les candidat-e-s dont le profil sera jugé conforme aux attentes seront pré-sélectionné-e-s, suite à un entretien par les encadrants (entre le 30 mars et le 6 avril), et invité-e-s ensuite à une audition devant l’école doctorale le 7 mai à Tours.
Contact pour l’envoi des candidatures et renseignements complémentaires :
Stéphanie Bankhead stephanie.bankhead@univ-orleans.fr
Aurélien Sallé aurelien.salle@univ-orleans.fr
d'Agriles (Coleoptera, Buprestidae) »
Laboratoire d’accueil : Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (LBLGC),
Université d’Orléans, INRAE USC 1328
Equipe : Entomologie et Biologie Intégrée (EBI)
Directrice de thèse : Stéphanie Bankhead (MCU-HDR)
Co-encadrant : Aurélien Sallé (MCU)
Type de financement : Bourse Région
Début de la thèse : 1er Octobre 2020
École Doctorale : Université d’Orléans, ED « Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant » n°549
Description du sujet de thèse :
Mots-clés : Changement climatique, écosystèmes forestiers, insectes xylophages, génétique des populations, écologie des communautés.
Comprendre l’impact du changement climatique sur la biodiversité nécessite de mettre en évidence les mécanismes biologiques d’adaptation à ce changement, depuis le niveau des organismes, des populations et des espèces, jusqu’à celui des communautés. En effet, à la suite de changements de densités de populations, de processus de dispersion d’individus ou de décalages phénologiques liés au conditions climatiques, des mécanismes de réorganisation des communautés plurispécifiques et multi-trophiques peuvent intervenir en cascade au sein des écosystèmes.
Dans les écosystèmes forestiers, les Agriles (Coleoptera : Buprestidae) forment un genre extrêmement diversifié d’insectes phytophages se développant généralement dans les tissus vivants de l’écorce des arbres.
Dans le contexte des changements globaux, ce groupe de parasites opportunistes jusqu’alors peu étudié a fait l’objet d’une attention particulière ces dernières années. Plusieurs espèces natives d’Europe sont thermophiles et étendent actuellement leur aire de répartition, ce qui peut s’accompagner d’une accentuation de leurs dégâts. Certaines espèces internationalement connues sont des ravageurs invasifs particulièrement dommageables, et plusieurs espèces exotiques sont inscrites sur les listes de quarantaine de l’Union Européenne. Les travaux sur les Buprestidae ont d’ailleurs principalement porté sur Agrilus planipennis, originaire d’Asie, et ravageur majeur des frênes, en Amérique du Nord et en Russie.
Comparativement, les espèces européennes sont peu étudiées malgré l’effet potentiel du changement climatique sur leur distribution et leur rôle essentiel dans les dépérissements de chênes, contribuant à tuer les arbres déjà affaiblis par les sécheresses intenses et récurrentes. Le projet doctoral visera à enrichir les connaissances sur la biologie des populations des espèces européennes et s’intéressera aux effets des dépérissements forestiers sur les populations et les communautés d’Agriles forestiers. Il sera décliné en deux volets :
Le premier volet se focalisera sur l’Agrile du chêne, Agrilus biguttatus, connu comme un facteur aggravant majeur du dépérissement de chênes. Par une approche de génétique des populations, l’influence des dépérissements sur la composition génétique des populations d’A. biguttatus sera évaluée, ce qui s’inscrira Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures INRAE USC1328 dans le cadre plus général de la compréhension des impacts de pullulations sur la diversité intraspécifique des ravageurs. Pour caractériser et quantifier cette diversité génétique à différentes échelles spatiales, le doctorant réalisera des expériences de biologie moléculaire utilisant des marqueurs microsatellites développés dans le cadre du projet CANOPEE, ainsi que les analyses de génétique des populations échantillonnées. En complément, la performance de vol sera appréciée et comparée entre A. biguttatus et d’autres espèces d’Agriles en utilisant des manèges de vol en laboratoire (coll. INRAE URZF). Enfin, une étude de phylogéographie utilisant des marqueurs mitochondriaux pour mieux comprendre la distribution génétique des populations de cette espèce sur son aire de répartition, et retracer ses voies de propagation, pourra être menée à l’aide d’un échantillonnage pan-européen réalisé grâce à des collaborations internationales.
Le second volet correspondra à une approche d’écologie des communautés. Les peuplements dépérissants sont colonisés par des assemblages d’Agriles comptant jusqu’à une dizaine d’espèces, mais les facteurs influant sur la structure et la dynamique de ces communautés sont peu connus. Dans ce cadre, l’étudiant-e s’intéressera à l’effet de l’état sanitaire des peuplements de chênes (i.e., leur degré de dépérissement) de plusieurs déterminants environnementaux considérés à différentes échelles spatiales, de l’arbre au paysage, sur la structure des assemblages d’Agriles et d’autres différentes guildes fonctionnelles d’insectes associés aux canopées. Pour cela l’étudiant-e participera à la collecte de données de terrain et au traitement d’une partie des données en laboratoire (identification taxonomique) dans le cadre du projet CANOPEE. Il-elle réalisera ensuite l’exploitation statistique et l’interprétation de l’ensemble des données collectées, en collaboration avec un autre étudiant en thèse. Dans un deuxième temps l’étudiant-e analysera la dynamique des communautés d’agriles et recherchera les déterminants de leurs fluctuations interannuelles. Pour cela il-elle bénéficiera d’une série temporelle de données acquises lors de deux projets successifs (BUCHE et CANOPEE) et s’échelonnant sur une chronique d’échantillonnage de 5 à 7 années successives.
Financement de la recherche : Cette thèse s’adosse au projet d’intérêt régional CANOPEE (2019-2021).
Organisation :
Le-la doctorant-e sera basé-e au LBLGC à l’Université d’Orléans. Les expérimentations en manège de vols seront réalisées à INRAE (Orléans, Ardon) au sein de l’Unité de Recherche de Zoologie Forestière (URZF). Les analyses d’écologie des communautés seront réalisées en collaboration avec l’Unité Écosystèmes Forestiers (EFNO) de INRAE (Nogent-sur-Vernisson).
Qualités recherchées :
Étudiant-e titulaire d’un Master dans le domaine de l’écologie, avec une expérience dans la recherche en laboratoire (extraction d’ADN, amplification PCR de marqueurs moléculaires) et un goût pour le terrain.
Des connaissances dans l’analyse de données de génétique des populations et d’écologie des communautés seraient appréciées, ainsi que des compétences en entomologie et/ou taxonomie.
Un bon niveau rédactionnel en anglais sera également un atout.
Candidature :
Envoyez au plus tôt (et avant le 25 mars) un CV détaillé, une lettre de motivation, les relevés de notes (Licence + Master 1, et M2 (si connues)), ainsi que les coordonnées de vos encadrants des stages de M1 et M2.
Les candidat-e-s dont le profil sera jugé conforme aux attentes seront pré-sélectionné-e-s, suite à un entretien par les encadrants (entre le 30 mars et le 6 avril), et invité-e-s ensuite à une audition devant l’école doctorale le 7 mai à Tours.
Contact pour l’envoi des candidatures et renseignements complémentaires :
Stéphanie Bankhead stephanie.bankhead@univ-orleans.fr
Aurélien Sallé aurelien.salle@univ-orleans.fr