Projet de financement d’une thèse d’université par un contrat CIFRE

Financement : contrat industriel de type CIFRE prenant la forme d’un CDD de 3 ans (environ 1100 à 1200 euros nets par mois).

Industriel financeur: Liphatech leader mondial en mise au point d’appât pour contrôler les rongeurs.

Encadrement Industriel : Dr Romain Lasseur (Directeur Technique Développement Liphatech basé à l’Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon).

Encadrement Scientifique :

-- UMR 1233 INRA/DGER : « mycotoxines et métabolisme des xénobiotiques » basée à l’Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon, Pr. Etienne Benoit

-- UMR 1063 INRA/IRD/Supagro/CIRAD : « Centre de Biologie et Gestion des Populations », Campus de Baillarguet, Montpellier : Dr Jean-François Cosson

-- PT Smart Libo Research Institute Indonesia: Ing. Jean-Pierre Caliman (directeur de la station Scientifique)

Ecole Doctorale : au choix :

- EDISS Lyon (Ecole Doctorale Interdisciplinaire Sciences Santé)

- Ou Ecole Doctorale Montpellier

Localité du Travail : 2/3 du temps en Indonésie (Sumatra) dans une station de recherche localisée dans des plantations de palmiers à huile et 1/3 du temps dans les laboratoires de recherche cités localisés à Montpellier et Lyon.

Intitulé du travail, contenu et attente vis-à-vis du candidat :

Titre : Dynamique des populations du rat palmiste (Rattus tiomanicus) à l’origine d’importants dégâts dans les plantations de palmiers à huile en Indonésie : stratégie de contrôle et gestion de la résistance.

Mission : Le candidat aura pour mission de construire une base solide de connaissances sur la dynamique spatiale des populations de rat palmiste, l’impact des traitements rodenticides et la quantification des dégâts dans les plantations de palmiers à huile. Le travail combinera des expériences de terrain et de la génétique moléculaire (génétique des populations et détermination des bases moléculaires d la résistance). Ces connaissances serviront à mettre au point des outils de monitoring fiables et à orienter les stratégies de contrôle des populations.

Calendrier : Le premier volet de l’étude concerne la description de la dynamique spatiale des populations de rats dans les plantations. La communauté des rongeurs (nombre d’espèces, abondances relatives etc …) sera décrite grâce à des piégeages et à l’analyse des pelotes de réjection des chouettes effraies (Tyto alba). La structuration spatiale des populations de l’espèce la plus abondante (Rattus tiomanicus) sera étudiée grâce à l’analyse de leur structuration génétique. L’analyse de la diversité génétique à plusieurs locus microsatellites permettra d’estimer les tailles des populations, leur expansion spatiale et l’importance de la dispersion entre les unités populationnelles. Ces connaissances sont essentielles pour la mise au point de stratégies de lutte raisonnée dans les cas où les zones traitées sont susceptibles d’être rapidement recolonisées.

Le second volet de l’étude concerne l’apparition et le maintient de la résistance aux rodenticides. Les rongeurs des plantations sont régulièrement traités par différents anticoagulants. Récemment, des phénomènes de résistance aux raticides et des intoxications d’espèces non-cibles (chouettes et serpents principalement) ont été constatés. Les phénomènes de résistances chez les rongeurs ont fait l’objet de récentes publications, l’origine étant liée au polymorphisme à certains un gène dénommé VKORC1. Un outil de génétique moléculaire (kit SNP) pour la détection des allèles de résistance sur de grands échantillons sera mis au point par le candidat (ce travail est déjà fortement avancé par le laboratoire de Lyon). L’évolution des fréquences des allèles de résistance sera ensuite comparée dans des populations originaires de zones plus ou moins exposées aux rodenticides. La comparaison des structures génétiques neutres (microsatellites) et au VKORC1 permettra de préciser la force de la sélection. L’ensemble de ces données permettra d’établir des prédictions sur l’apparition et l’évolution de la résistence dans des populations de rats en fonction de différentes stratégies de contrôle.

Le troisième volet s’appuiera sur ces travaux fondamentaux pour pour proposer des stratégies de luttes prenant en compte l’efficacité de l’appât qui sera formulé à cet effet, ainsi que les modalités avec lesquelles cet appât (en cours d’homologation par ailleurs) doit être appliqué pour répondre au triptyque efficacité maximum/exposition minimum des espèces non-cibles/non sélection de rongeurs résistants aux anticoagulants. Pour connaitre les niveaux d’exposition de la faune non-cible aux appâts que nous utiliserons dans la lutte en plantation, nous réaliserons des dosages sur des fèces, et des plotes de réjections des chouettes (laboratoire toxicologie Lyon).

Profil du candidat recherché :

-- motivé par une expérience à l’étranger (Indonésie)

-- s’intéressant aux rongeurs/ou mammifères

-- expérimenté ou très motivé par le terrain en plantation

-- à l’aise avec la génétique et le développement d’outils de génétique moléculaire (PCR, sondes…)

-- aimant travailler à l’interface Recherche/Application industrielle

-- tenté par une carrière professionnelle dans l’industrie

Parts relatives du travail à caractère fondamental / appliqué à la stratégie industrielle (essai modalités applications raticides) : 20% / 80%

Qui contacter :

-Dr. R Lasseur : 06 83 83 32 01 ou lasseurr@liphatech.fr

-Dr. JF Cosson 04 99 62 33 01 ou cosson@supagro.inra.fr

-Pr. E Benoit 06 79 37 19 08 ou e.benoit@vet-lyon.fr

N’hésitez pas à nous contacter pour tout besoin d’info supplémentaire.