Recherche de candidat pour concours bourse de thèse Ecole Doctorale
414, Université de Strasbourg et Institut Pluridisciplinaire
Hubert Curien, France.
Ecophysiologie comparée de la cistude d’Europe Emys orbicularis le long d’un gradient latitudinal
Nous recherchons actuellement un(e) candidat(e) motivé(e) pour concourir à une bourse de thèse en écophysiologie et comportement animal à l'Ecole doctorale 414 de Strasbourg. Le concours aura lieu début Juillet 2019.
Afin de concourir, ce(tte) candidat(e) doit:
- Avoir complété un Master de biologie avec une forte composante en écophysiologie, écologie comportementale et biologie évolutive
- Se situer dans le premier tiers du classement de sa promotion (moyenne minimum de 14/20)
Nous assisterons le candidat dans la préparation du concours de l'école doctorale.
Le concours consiste en une présentation d'environ 10-15 minutes du sujet de Master et projet de thèse du/de la candidat(e) face à un jury de 20-25 professeurs/chercheurs en biologie (allant de la biologie moléculaire, génétique, physiologie animale et végétale, écologie et évolution), suivi d'une session de question/réponses de 15 minutes environ.
En cas de succès, le/la candidat(e) se verra attribué(e) une bourse de 3 ans afin de compléter une thèse à l'Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (équipe d’accueil ADAGE: http://www.iphc.cnrs.fr/-ADaptation-des-Animaux-et-Gestions-Environnementales-ADAGE-.html) sur le sujet décrit ci-dessous:
Ecophysiologie comparée de la cistude d’Europe Emys orbicularis le long d’un gradient latitudinal
Nous recherchons actuellement un(e) candidat(e) motivé(e) pour concourir à une bourse de thèse en écophysiologie et comportement animal à l'Ecole doctorale 414 de Strasbourg. Le concours aura lieu début Juillet 2019.
Afin de concourir, ce(tte) candidat(e) doit:
- Avoir complété un Master de biologie avec une forte composante en écophysiologie, écologie comportementale et biologie évolutive
- Se situer dans le premier tiers du classement de sa promotion (moyenne minimum de 14/20)
Nous assisterons le candidat dans la préparation du concours de l'école doctorale.
Le concours consiste en une présentation d'environ 10-15 minutes du sujet de Master et projet de thèse du/de la candidat(e) face à un jury de 20-25 professeurs/chercheurs en biologie (allant de la biologie moléculaire, génétique, physiologie animale et végétale, écologie et évolution), suivi d'une session de question/réponses de 15 minutes environ.
En cas de succès, le/la candidat(e) se verra attribué(e) une bourse de 3 ans afin de compléter une thèse à l'Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (équipe d’accueil ADAGE: http://www.iphc.cnrs.fr/-ADaptation-des-Animaux-et-Gestions-Environnementales-ADAGE-.html) sur le sujet décrit ci-dessous:
Les zones humides sont des milieux naturels dynamiques et productifs à forte valeur socio-économique. Toutefois, ces habitats sont particulièrement affectés par l’intensification des activités humaines et le changement climatique. Ces hydrosystèmes font l’objet de nombreuses actions de restauration dont la pertinence et l’efficacité à long terme méritent d’être estimées. En Alsace, le programme européen "Restauration des milieux humides rhénans et préservation de la biodiversité dans les environs de la Lauter", initié en 2009 par le Conseil Départemental du Bas-Rhin (CD67), a permis de recréer la trame bleue transfrontalière franco-allemande sur le site dédié du Woerr (Lauterbourg) en faveur d’espèces emblématiques des zones humides, dont la cistude d’Europe Emys orbicularis. Au-delà de son caractère emblématique, cette petite tortue d’eau douce occupe une niche écologique originale : elle présente une distribution géographique pan-européenne, sa physiologie ectotherme la soumet à l’influence directe de la température ambiante (et donc du changement climatique) dont elle est tributaire pour assurer sa thermorégulation et c’est un consommateur opportuniste allant de la nécrophagie à la prédation. La cistude est le reptile montrant à l’échelle de l’Europe le plus fort déclin démographique. Cependant, il n’existe à ce jour aucune tentative d’estimation des conséquences potentielles du changement global (qualité environnementale, changement climatique) sur le devenir de l’espèce.
La thèse propose d’étudier l’écophysiologie de la cistude d’Europe le long d’un gradient latitudinal représentatif de sa répartition actuelle pour (1) aborder les stratégies physiologiques et comportementales qu’elle adopte face à des conditions environnementales contrastées (Espagne, France, Lettonie), (2) évaluer son rôle trophique dans le fonctionnement des milieux naturels versus restaurés, et (3) évaluer l’efficacité des actions de restauration des habitats et de lâcher de l’espèce pour valider, voire améliorer, les politiques actuelles de gestion des espaces et des espèces.
Nous testerons 2 hypothèses principales à l’interface entre physiologie énergétique, écologie comportementale et écologie fonctionnelle :
_H1_ Du fait de sa physiologie, la cistude est supposée ajuster sa balance énergétique le long du gradient climatique « océanique, tempéré, continental ». Par une approche écophysiologique intégrée, nous élaborerons les budget-temps et bilans thermiques/énergétiques saisonniers d’individus issus de populations en Aquitaine, Alsace et Lettonie : (a) les principaux comportements (repos, insolation, alimentation, reproduction) seront estimés à différentes échelles temporelles, à savoir de la journée à la saison, à l’aide d’accéléromètres déployés sur des cistudes libres de leurs mouvements ; (b) les bilans et flux thermiques associés à ces différents comportements seront estimés en relation avec les températures ambiantes de l’air et de l’eau à l’aide d’enregistreurs de température interne associés à des mesures de la température périphérique par thermographie infrarouge ; (c) la dépense énergétique de chaque comportement (hors reproduction) sera estimée par respirométrie sur des individus captifs soumis à différentes températures représentatives de celles mesurées en nature ; (d) les besoins énergétiques quotidiens et saisonniers des cistudes seront estimés en intégrant ces résultats en lien avec les caractéristiques individuelles (taille et masse corporelle, sexe), l’activité et le milieu.
_H2_ Du fait de son comportement opportuniste, l’écologie alimentaire de la cistude est supposée suivre la phénologie et la disponibilité des principales espèces-proies : (a) le comportement de prospection de l’habitat sera caractérisé à l’aide de GPS miniaturisés déployés en milieu naturel ; (b) l’écologie alimentaire sera décrite à partir du régime alimentaire des cistudes par analyse ADN environnemental des fèces confronté à un suivi des macroinvertébrés en présence dont le contenu énergétique sera estimé par calorimétrie. Les estimations de dépenses énergétiques des cistudes (estimées en _H1_) seront comparées à la pression de prédation et au contenu énergétique des proies pour estimer la biomasse consommée par les cistudes en fonction de leurs caractéristiques individuelles. Ces mesures seront ramenées à l’échelle de la population d’Alsace pour estimer la pression de prédation exercée par les cistudes sur les ressources. Ce second protocole sera transposé aux sites aquitain et letton selon les possibilités logistiques et la disponibilité des collaborateurs.
ORIGINALITE ET FAISABILITE : La thèse est basée sur l’utilisation d’approches novatrices (accélérométrie et GPS embarqués, thermographie infrarouge, ADNe) testées avec succès par l’IPHC (Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien) au cours de ces dernières années sur le modèle d’étude (ou homologues) qui ont permis d’élaborer une base de données qui constituera la base de la thèse. Le candidat bénéficiera par ailleurs du réseau de collaborations (Espagne, France, Lettonie) lors de missions de terrain au cours desquelles il pourra compléter cette base de données. Le principal défi de la thèse est qu’elle mise sur les technologies innovantes à ce jour jamais combinées sur une espèce amphibie de petite taille. Ces méthodes opérant parfois à plusieurs dizaines de Hz sur plusieurs canaux génèrent des jeux de données aussi énormes que riches d’information, sous réserve d’une analyse pertinente.
COMPETENCES REQUISES : Connaissances solides en écologie, biologie des organismes et des populations, physiologie animale ; herpétologie ; compétences avérées en analyse du signal (maîtrise de Matlab indispensable), analyse de données et statistiques (ANOVA, régression multiple, analyse en composantes principales, statistiques non-paramétriques) ; maîtrise de l’anglais lu, écrit et parlé ; expérience de terrain est un plus.
EXPERTISES ACQUISES AU COURS DE LA FORMATION : Ecologie : suivi de populations (biométrie, démographie) ; Ecophysiologie : suivi comportemental de la faune sauvage (systèmes d’acquisition de données embarqués) ; Physiologie : respirométrie, thermographie ; Général : gestion et analyses de grandes bases de données, analyse du signal et traitements statistiques, rédaction scientifique, gestion de projet, de calendrier.
CITATIONS REFERENCES :
Enstipp MR, Ballorain K, Ciccione S, Narazaki T, Sato K, Georges JY (2016) Energy expenditure of adult green turtles (Chelonia mydas) at their foraging grounds and during oceanic migration. Functional Ecology 30(11): 1810–1825
Enstipp MR, Ciccione S, Gineste B, Milbergue M, Ballorain K, Ropert-Coudert Y, Kato A, Plot V, Georges JY (2011) Energy expenditure of freely swimming adult green turtles (Chelonia mydas) and its link with body acceleration. Journal of Experimental Biology 214: 4010-4020
Plot V, Jenkins T, Robin JP, Fossette S, Georges JY (2013) Leatherback turtles are capital breeders: morphometric and physiological evidence from longitudinal monitoring. Physiological and Biochemical Zoology 86(4): 385-397
Les candidatures doivent inclure 1) une lettre de motivation, 2) un curriculum vitae détaillé, 3) les relevés de notes du Master.
Merci de tout compiler en un seul fichier pdf à envoyer à jean-yves.georges@iphc.cnrs.fr (http://www.iphc.cnrs.fr/-Jean-Yves-Georges-.html)