Offre de thèse

 Titre : Compréhension et modélisation du comportement de nage et d’échappement des poissons dans les engins de pêche Contexte scientifique et Objectifs L'utilisation de caméras sous-marines permet d'étudier le comportement des espèces interagissant avec les engins de pêche dans leur environnement et de distinguer deux processus, la tentative d'échappement et sa probabilité de réussite. La prise en compte des réponses comportementales spécifiques des espèces ont permis d’évaluer et d’améliorer la conception d’engins de pêchés 1 . Pour les engins de pêche actifs, le comportement de certaines espèces, dans des zones spécifiques du chalut, a été étudié (e.g. poissons et calmars à l’entrée du chalut ; gadidés et poissons plats dans l'extension et le cul de chalut 2 ) afin de réduire les captures non désirées. Grâce à son approche générique et intégrée, le projet ESCAPE dans lequel s’inscrit cette thèse, a pour ambition de franchir un cap important dans les connaissances du déterminisme de la capture et de l’échappement de poissons. Par une approche multidisciplinaire associant technologie des pêches, éthologie appliquée, intelligence artificielle, écologie fonctionnelle et écologie quantitative, le projet vise à comprendre, quantifier et modéliser les différentes étapes des processus de capture et d’échappement. Il s’agira principalement d’appréhender les lois comportementales sous-jacentes liées au déterminisme morphologique, fonctionnel et social des espèces et des individus. Une fois formalisées, les différentes hypothèses de stratégies d’échappement seront testées à l’aide d’outils numériques de modélisation couplée animaux-engins de pêche. Les résultats basés sur la combinaison d’observations in situ et la modélisation permettront d’estimer les propriétés de sélectivité intra et inter des engins de pêche afin de contribuer à la conception d’engins de pêche innovants pour une exploitation plus durable des ressources marines. Plan de la thèse La thèse se structure autour de deux axes de travail. Le premier vise à analyser les données de vidéos sous-marines récoltées dans les chaluts de pêche afin d’identifier les facteurs influents la capture et les échappements de différentes espèces. Le second vise à modéliser les comportements mis en évidence à l’aide d’un outil numérique de modélisation couplée animaux-engins de pêche. Chapitre 1. Compréhension des comportements et leurs déterminismes L’observation in situ génère d’importantes quantités de vidéo, dont le traitement manuel est chronophage. Les nombreuses vidéos collectées, nécessitent l’utilisation d’un traitement automatique du signal. La première partie de la thèse visera à extraire, de façon automatique grâce à des réseaux de neurones (intelligence artificielle, IA), les trajectoires de différentes espèces de poissons dans le chalut. Ces données serviront à caractériser l’utilisation de l’espace par les différentes espèces, ainsi que sa variabilité temporelle (durée de traine), spatiale (cul/rallonge) et en fonction des types de maille. L’effet de stimuli lumineux, afin de déclencher un changement de comportement chez certaines espèces (attraction ou répulsion), sera également étudié. Les poissons ont tendance à rester à l'écart du filet et hésitent à passer à travers les mailles, alors même qu'ils pourraient facilement passer à travers. Un échappement réussi nécessite un comportement actif 3 , probablement impulsé par un fort niveau de stress et/ou d’encombrement. Dans un second temps, l’analyse fines des trajectoires individuelles et de groupe à microéchelle (< 1 m) testera dans quelles mesures la vitesse de nage, la fréquence et angle des virages, l’angle de contact avec les mailles sont reliées aux capacités visuelles et natatoires des espèces et des individus (taille) et permettent de déterminer l’effet de l’encombrement (spatial et/ou social) sur le déclenchement des échappements à travers le maillage, ainsi que sur leur probabilité de succès. Enfin pour mieux comprendre les règles de comportement sous-jacentes, la dynamique temporelle des tentatives d’échappement sera étudiée. Des modèles numériques (e.g., de survie) seront adaptés afin d’inférer sur le caractère stationnaire ou avec mémoire (dépendant du temps) des comportements observés 4 , dans différentes zones de l’engin de pêche. Chapitre 2. Modélisation couplée poisson-engin L’étude de la dynamique des filets de pêche s’effectue à l’aide d’une plateforme de simulation « multiengins » de pêche, FineLab (extension du logiciel DynamiT 5 ). Cette plateforme permet de faire interagir des individus (modèles IBM, Individual Based Model) avec un engin de pêche. La puissance des modèles IBM réside dans leur flexibilité de représentation des processus naturels observés, par exemple les comportements de nage et d’échappement des poissons, mais également dans leur capacité d’étudier le lien entre les comportements individuels et les dynamiques collectives qui en résultent. Cette approche permet d’estimer les principaux paramètres de sélectivité des engins, tels que la taille à 50 % d’échappement ou la « gamme de sélection », selon l’environnement, les espèces présentes et de leurs comportements spécifiques. Le modèle « poisson » implémente des règles de comportement, inspirés des Boids 6 : évitement, alignement et cohésion des individus, évitement de l’engin. D’autres comportements sont également intégrés comme une vision orientée, un nombre maximum de tentatives d’échappement, une préférence d’échappement vers le haut ou le bas, une vitesse de nage de « croisière », une vitesse de fuite et des paramètres d’état comme l’énergie pouvant conduire à l’épuisement de l’individu. Les valeurs de paramètres actuelles permettent de retrouver par simulation des comportements réalistes observés en mer comme la concentration de poissons devant le milieu du bourrelet. Plus récemment la prise en compte de la résistance à l’ouverture des mailles contre la poussée d’un poisson cherchant à s’échapper 7 a permis d’établir une courbe de sélectivité réaliste. Cependant ces travaux sont exploratoires et des analyses de sensibilité aux valeurs de paramètres montrent que les règles de comportement doivent être approfondies et faire l’objet d’optimisation. La seconde partie de la thèse visera à optimiser les variables du modèle IBM jusqu’à obtenir des ensembles de trajectoires comparables aux observations in situ. L’environnement graphique de la plateforme permettra la visualisation des trajectoires afin de faciliter la compréhension des interactions engin/individus. En se basant sur les résultats du chapitre 1, les principales hypothèses sur les mécanismes comportementaux et sociaux sous-jacents seront testées et leurs effets sur la probabilité d’occurrence et/ou de succès des échappements au niveau populationnel estimés. Candidatures Le(a) candidat(e) devra détenir un Master 2 en bio statistique et modélisation, biologie-écologie, de préférence marine ou discipline associée (halieutique) ou éthologie avec de fortes compétences en écologie quantitative et en modélisation. Compétences en intelligence artificielle (deep Learning), analyses d’image appréciées. Intérêt pour l’halieutique et la gestion des écosystèmes marins. CV, lettre de motivation et lettre de recommandation à envoyer à : dorothee.kopp@ifremer.fr , marianne.robert@ifremer.fr et sur la plateforme de l’ED SML Durée et localisation : Octobre 2024-October 2027 Encadrement scientifique : Marianne Robert, Benoit Vincent, Robin Faillettaz, Dorothée Kopp Laboratoire d’accueil : Laboratoire de Technologie et Biologie halieutique – Ifremer Lorient Membre de Unité Halgo : Halieutique grand Ouest et de l’UMR Decod : Durabilité et dynamique des écosystèmes : de la source à l’océan Bibliographie 1 Thomsen B et al. 2010. Fish Pots: Fish Behavior, Capture Processes, and Conservation Issues. In: He P, editor. Behavior of Marine Fishes. Oxford, UK: Wiley-Blackwell. 2 Krag LA et al. 2009. The vertical separation of fish in the aft end of a demersal trawl. ICES J Mar Sci. 3 Glass CW et al. 1993. Behavioural studies of the principles underlying mesh penetration by fish. ICES mar Sei Symp. 4 Robert M, et al. (2020). A methodological framework for characterizing fish swimming and escapement behaviors in trawls . Plos One 5 Peake SJ, Farrell AP. 2006. Fatigue is a behavioural response in respirometer‐confined smallmouth bass. Journal of Fish Biology 6 Nguyen, T.X., Winger, P.D. 2016. Numerical Modeling - A Comparison of Different Methods for Simulating Bottom Trawls. Fish. Technol. 7 Craig W. Reynolds 1987. Flocks, herds and schools : A distributed behavioral model. ACM SIGGRAPH Computer Graphics. 8 Vincent B et al., 2022. Exploring the mechanics of fish escape attempts through mesh. Fish. Res

PhD position | LEEC - Université Sorbonne Paris Nord

 PhD position: Effects of mother’s age and parity on offspring behavioral phenotype and stress neuroendocrinology in the mound-building mouse Application deadline: May 07th 2024 Applications to: rodel@univ-paris13.fr We are looking for a highly motivated and competent candidate for a 3-year PhD thesis in the Laboratoire d’Ethologie Expérimentale et Comparée (LEEC), Université Sorbonne Paris Nord (Campus Villetaneuse) to study “Effects of mother’s age and parity on offspring behavioral phenotype and stress neuroendocrinology in the mound-building mouse”. Context. Characteristics of the mother, such as her age and her parity are well known to influence phenotypic traits of her offspring, as exemplified by reported effects on offspring growth, health, and survival. However, the impact of maternal age and parity on offspring behavioral phenotype and on related individual differences in physiological stress responses, despite its potential significance for an individual’s later life, have rarely been explored. Experimentation will be conducted on mound building mice (Mus spicilegus) of wild origin, bred in our animal facilities. This small rodent shows distinct cohorts of mothers of different ages under natural conditions, with old, overwintered mothers occurring early in the breeding season, and young mothers mainly occurring during the later season. Research questions. In an experimental approach, the effects of mother’s age (young versus old mothers) and of her parity (primiparous versus multiparous) on the emergence of offspring behavioral phenotypes (consistent individual differences in behavior), and on parameters of sympathetic stress response and hypothalamic-pituitary-adrenocortical (HPA) axis activity will be investigated. The comparison of within-litter variation in these parameters of behavior and stress responsiveness between offspring from young and old and from primi- and multiparous mothers will also be a main aspect of the project. Furthermore, to obtain deeper insights into the potential mechanisms driving such purported differences in offspring phenotype, it is planned to explore age-dependent and parity-dependent differences in mothers’ behavioral phenotypes including in aspects of maternal behavior, as well as differences in such mothers’ physiological stress responses. Methods. Behavioral phenotyping will be carried out by batteries of repeated standardized behavioral tests, to quantify different traits such as exploration, boldness and sociability. Short-term, sympathetic stress responses will be assessed by recordings of fine-scaled changes in body surface temperature using infrared thermography. HPA axis stress responses will be quantified via corticosteroid concentrations in blood and corticosteroid metabolite concentrations in feces by ELISA. In addition, aspects of neuroendocrine control will be assessed by determining expression in the brain of key genes involved in HPA axis regulation by qPCR. Candidate. We are seeking a creative and motivated candidate with a Master in ethology, behavioral sciences or in a related field, with experience in behavioral observations and animal experimentation. The candidate should have very good English communication skills (min. B2); proficiency in French is not required. A good knowledge in applied statistics (preferably using R) will be advantageous. Supervision. Prof. Heiko G. Rödel and Dr. Cédric Zimmer, Laboratoire d’Ethologie Expérimentale et Comparée (LEEC), Université Sorbonne Paris, France. Email: rodel@univ-paris13.fr | website: http://leec.univ-paris13.fr Application Procedure. Applicants will be pre-selected based on their qualifications. Please send a short CV (incl. the marks of bachelor and master, and names + contact data of 2 referees) and a letter of interest by email to H.G. Rödel before/until the 07 May 2024. Do not hesitate to request further information by email. The chosen candidate will then apply with this project to the Ecole Doctorale Galilée (Université Sorbonne Paris Nord) for funding of a 3-year contract. Candidates should be willing to come in person for the interview by the Ecole Doctorale on the 11th June 2024. The thesis will start in September 2024

Research Assistant position Ozouga Chimpanzee Project (OCP), Gabon

 We still have ONE vacancy for a motivated Research Assistant (RA) to collect behavioral data on central chimpanzees (Pan troglodytes troglodytes) living in the Loango National Park, Gabon. The OCP is a long-term field site conducting research on many aspects of chimpanzee behaviour, health, and cognition (For more information see: https://en.ozouga.org/)

Responsibilities include:

The RA will receive an initial training of one week at the Comparative BioCognition Group, Institute of Cognitive Science (IKW) in Osnabrück, Germany, by members of the OCP on the data collection methods and health and safety protocols. After the initial training, the RA will travel to the Loango National Park in Gabon. The RA will be responsible for conducting daily focal animal follows on the habituated chimpanzees of the OCP. This entails following a focal chimpanzee all day long, observing and documenting aspects of their behaviour. The RA will also collect fecal and urine samples, demographic and nutritional information and potentially other data needed for specific projects (e.g., audio or video recordings). Assistance with phenology transects and camera trap maintenance will also be required. The RAs are locally supervised by the OCP field-site manager and remotely by a team of experts.

Qualifications include:
The RA should have a Bachelor/Master in Biology, Anthropology, Zoology and/or Psychology with a strong interest in behavioral ecology/animal behavior. Field experience and knowledge of behavioral data collection will be a strong advantage.

Living conditions are extremely basic. There is no running water, very limited phone coverage and internet access, and only basic solar power for electricity. Satellite phones are available in the event of an emergency. Team members live in wooden huts and the food is local and basic. Additionally, the challenging aspects of living in remote tropical conditions, coupled with the necessity of both living and collaborating with team members, underscore the importance of stress resilience, excellent social skills, and maintaining professionalism in the work environment. Working with the chimpanzees is also physically demanding, so excellent physical and psychological conditions are necessary. The RA needs to speak French AND English, and needs to be able to work independently after the training in the forest. Note that the OCP adheres strictly to gender equality and will not tolerate any form of sexual harassment.

Compensation and training:
We offer the initial training of about 1 week (depending on existing knowledge and experience) by experts from the OCP in Osnabrück, Germany. Afterwards we expect a tenure of 12 months in the Loango National Park. The research assistant receives free accommodation and a compensation of 200€ per month for living expenses etc and a contribution of 50€ towards health insurance costs. After the successful tenure, we reimburse return international flights from Düsseldorf to Libreville, as well as visa costs (to a max of 1000 €).

Application:
Please apply by sending a motivation letter, a CV (including your experience with behavioural data collection), and contact information for two referees to Dr. Tobias Deschner (tdeschner@uos.de) and Prof. Simone Pika (spika@uos.de), and state “RA OCP 2024” in the subject line.

We will start evaluating the applications on April 15th, 2024 and continue until the position is filled. Start of the appointment will be as soon as possible.

PhD position

 

Offre de doctorat / PhD position (see below for English version)

 

Titre : Origines développementales et évolutives de l’empathie chez les primates

Université : Rennes (France)

Unité de recherche : Ethologie animale et humaine

Encadrants : Marine Grandgeorge, Alban Lemasson, Maël Leroux

Financement : CDD de 3 ans

Résumé de la thèse :

L’empathie est notre capacité à comprendre et partager l’état affectif d’autrui. L’empathie intègre des réponses automatiques mais aussi conscientes, où les réactions affectives aux stimuli émotionnels perçus sont modulées par des processus cognitifs descendants amenant à des comportements prosociaux de consolation par exemple. Ces capacités cognitives avancées trouvent leur origine dans des composantes émotionnelles plus simples qui ne sont pas le propre de l’humain. Cette thèse aura pour objectif d’étudier, via une approche comparative, les trajectoires développementale et évolutive des capacités empathiques et d’analyser les mécanismes de transmission et de contagion émotionnelle entre individus avec pour questions centrales, la pertinence de différentes modalités sensorielles et les facteurs sociaux susceptibles de moduler ces processus. Pour le volet évolutif, nous comparerons l’humain au primate non-humain, notamment le mangabey à collier qui présente une socialité complexe et un riche répertoire de signaux visuels et vocaux. Pour le volet développemental, nous comparerons des humains aux développements typique et atypiques (i. e. trouble du spectre autistique, où la communication émotionnelle et sociale atypique est associée à un déficit d’attention). Nous utiliserons des méthodes observationnelles et expérimentales pour explorer les phénomènes de contagion visuelle et sonore des émotions (niveau d’excitation, valence émotionnelle) entre individus présentant des liens degrés de familiarité différents en contextes intra- et interspécifiques. La thèse se déroulera en plusieurs temps, afin d’en garantir son succès et sa valorisation au cours des 3 ans : 1/ réalisation d'une revue de la littérature pour établir les choix méthodologiques les plus pertinents pour les modèles étudiés, 2/ obtention des autorisations éthiques, 3/ études sur des primates non humains (singes hébergés à la Station Biologique de Paimpont), 4/ études sur des humains (d'âges variés).

Pour plus d’information et pour candidater : https://amethis.doctorat-bretagneloire.fr/amethis-client/prd/consulter/offre/285

Compétences requises : Diplôme de Master d’éthologie obligatoire, Expérience en recherche sur la communication des primates souhaitable, Bonne maitrise du français et de l’anglais

Date limite de candidature : 3 juin 2024

Date de début du doctorat : 01/10/2024

Contact: marine.grandgeorge@univ-rennes.fr

 

 

 

 

Thesis title: Developmental and evolutionary origins of empathy in primates    

University: Rennes (France)

Unit / team: EthoS

Supervisor’s name: Marine Grandgeorge, Alban Lemasson & Maël Leroux

Summary:

Empathy is our ability to understand and share the affective state of others. Empathy incorporates both automatic and conscious responses, where affective reactions to perceived emotional stimuli are modulated by top-down cognitive processes leading to prosocial behaviours such as consolation. These advanced cognitive capacities are rooted in simpler emotional components that are not unique to humans. Using a comparative approach to study the developmental and evolutionary trajectories of empathic capacities, this PhD aims to investigate the mechanisms of emotional transmission and contagion between individuals and assess the relevance of different sensory modalities and the social factors likely to modulate these processes. For the evolutionary aspect, we will compare humans with non-human primates, in particular red-capped mangabeys, which has a complex sociality and a rich repertoire of visual and vocal signals. For the developmental component, we will compare humans with typical and atypical development (i.e. autism spectrum disorder, where atypical emotional and social communication is associated with attention deficit). We will use observational and experimental methods to explore the phenomena of visual and oral contagion of emotions (level of arousal, emotional valence) between individuals with different degrees of familiarity in intra- and interspecific contexts. The thesis will be carried out in several stages, in order to guarantee its success and value over the course of 3 years: 1/ carrying out a literature review to establish the most relevant methodological choices for the models studied, 2/ obtaining ethical authorisations, 3/ studies on non-human primates (monkeys housed at the Paimpont Biological Station), 4/ studies on humans (of various ages).

To have more information and to apply:

https://amethis.doctorat-bretagneloire.fr/amethis-client/prd/consulter/offre/285

Skills required:

Master's degree in ethology required, experience in primate communication research desirable. Fluent in French and English.

Application dead line: June 3rd 2024

PhD beginning: October 1st 2024

Contact: marine.grandgeorge@univ-rennes.fr

 

Shark Bay Dolphin Research Project - August-December 2024 Research Assistant Opportunity for Post-baccalaureates

Background:

The Shark Bay Dolphin Research Project (SBDRP) is seeking several dedicated research assistants for the upcoming field season (August 1st to mid-December 2023, roughly December 10th to allow for travel home before the holidays).

The SBDRP is a long-term research project run in collaboration between Georgetown University, Texas A&M University at Galveston, and the University of Queensland. The SBDRP has been collecting behavioral, life-history, ecological, and genetic data on Indo-Pacific bottlenose dolphins in Shark Bay, Western Australia since the mid-1980s. This field season will focus on continuing our research on maternal investment and social learning, in addition to our routine long-term population monitoring efforts. For more information, please look through our website and publications (monkeymiadolphins.org).

Field work is demanding and requires long hours both on and off the water, but the dolphin research is both fun and rewarding. Field assistants will gain valuable research experience and may have the opportunity to contribute to co-authored publications. Those interested in a STEM career, especially in behavioral ecology, marine mammalogy, marine science or evolutionary biology are encouraged to apply. It may be helpful to review our recent publications to get a feel for our lab's work.

Timeframe:

~5 months

Field site:

Monkey Mia, Shark Bay, Western Australia.

Monkey Mia is approximately 850 km north of Perth and is part of the largest World Heritage site in Western Australia. Our field site is beautiful, and is home to diverse wildlife such as sharks, rays, turtles, dugongs, whales, and of course, resident bottlenose dolphins. Monkey Mia is remote, but we do have amenities including electricity and running water, reliable cell phone service, and limited internet. Housing will be provided, and the research team will share cooking responsibilities in a communal kitchen and other domestic chores.

Job responsibilities:

Research assistants will help collect extensive behavioral data from the boat, including surveys and focal follows on individual dolphins. Boat work is dependent on weather, but even on windy days we need to be ready to pack up and quickly get out on the water if the wind drops. Days on the water can be consecutive, long, and tiring in variable environmental conditions. Days on land require extensive, and tedious, data entry and processing.

Most of your time will be spent:

·       Searching for and spotting dolphins

·       Driving the boat

·       Scribing data during surveys and focal follows

·       Entering dolphin sightings and environmental data into the computer

·       Doing basic maintenance, equipment prep and cleaning

Qualifications:

The ideal candidate will be a graduating senior with a science background and a genuine interest in marine mammal science and behavior. This position is well suited for students of marine biology, animal behavior, zoology, ecology, genetics, or similar fields looking to gain additional analytical and field experience. Applicants must be able to work closely with a small team (3-6 people). We not only work together, but also live, cook, and eat together, so maturity, sense of humor, a positive attitude and a collaborative nature are critical.

The candidate must:

·       Possess basic computer skills

·       Be detail oriented, flexible, level headed, and patient

·       Possess excellent verbal and written communication skills

·       Work well both independently and in a team

·       Be comfortable on a boat and working in a remote location

·       Be prepared to work long, consecutive days, including weekends

·       Field experience or experience working on boats is desirable, but not required

The most essential qualifications are that you are flexible, conscientious, and hard-working, and are excited about the research.

Salary:

This is a paid position; research assistants will receive a modest stipend. All travel and living expenses (flights, visas, housing and food) will also be covered. We particularly want to encourage candidates from groups that are underrepresented in STEM fields to apply.

 

Eligibility:

• This position is not restricted to U.S. citizens, but travel support is limited for non-U.S. citizens/residents.
• This position is open to applicants completing their bachelor’s degree in 2024.
• Applicants who are currently enrolled or will have begun a graduate program (M.S. or Ph.D.) by August 1st are not eligible.
• Applicants must be fluent in English.

·       Due to the nature of the work, all participants must be in excellent physical health and able to lift 20 kg (50 lbs).

 

Application: https://forms.gle/L9e681jyf2FaCZij9

 

The google form will be open from April 1^th-April 16^th 2024. The application will close at 11:59pm EST on April 16^th; no late submissions will be considered. All applicants will receive notification of our decision no later than May 15th. Any questions can be directed to field season lead, Meredith MacQueeney, mem505@georgetown.edu. 

Job: Postdoc in AI for acoustic biodiversity monitoring (NL) 2

 We are recruiting for a postdoctoral researcher (postdoc) in AI for acoustic biodiversity monitoring.

The position is part of the EU-funded "TABMON" project using AI to monitor birds across multiple European countries. This postdoc is based in the Netherlands, at Tilburg University. Full details:

https://tiu.nu/22215

A research position for you - or someone you know? Please share as appropriate.