Two fully funded PhD

 

Offre de stage de Master 2

 

Etude de la compréhension des signaux haptiques chez le chien

 

Ce stage de M2 sera supervisé par Dalila Bovet et Hillary Jean-Joseph, Laboratoire Ethologie, Cognition, Développement (LECD), Université Paris Nanterre. 

Résumé :

Le projet HAPNESS vise à explorer l’utilisation de la communication vibro-tactile (i.e., haptique) entre les maîtres et leurs chiens. La recherche sur la communication haptique avec le chien est encore jeune. L'utilisation de signaux vibratoires pour communiquer avec les chiens se limite souvent au dressage. Les colliers vibrants disponibles dans le commerce intègrent un seul vibrateur alors que le harnais HAPNESS intègre plusieurs vibrateurs pouvant varier l’amplitude, la fréquence et la séquence du signal. Ces signaux vibratoires sont indolores et diffèrent complètement des signaux d’impulsions électriques. Aujourd’hui, la recherche se concentre sur l'étude de la capacité des chiens à apprendre et à discriminer différents signaux. Le ou la stagiaire entraînera des chiens vivant en refuge à accepter le harnais, puis à obéir à différentes commandes en fonction des signaux transmis par le harnais. Cela permettra ensuite d’explorer la capacité des chiens à percevoir le signal (test de seuil minimal et maximal) mais leur capacité à discriminer les modalités spatiale (sur quelle partie de corps le chien reçoit le signal) et temporelle (le signal est-il continu ou discontinu) du signal.

Missions du ou de la candidate :

·       Dressage et entrainement des chiens avec le harnais tactile

·       Analyse de vidéos (BORIS)

·       Coordination avec les équipes du refuge où les chiens seront testés

Profil du ou de la candidate :

Personne fiable, rigoureuse et autonome.  Une expérience préalable avec des chiens et un intérêt pour le dressage sont nécessaires. Un intérêt pour le bien-être animal est un plus.

Permis B requis.

Les critères de sélection sont : la qualité du ou de la candidat.e, et son adéquation au profil ainsi que l’apport que représentera sa présence pour le projet de recherche (en termes de compétences et de thématiques).

Le stage commencera en janvier 2024 et durera 6 mois.

Lieux de stage :  Université Paris Nanterre & Refuge AVA à Cuy-Saint-Fiacre 76220

Pour postuler, merci d’envoyer CV et lettre de motivation à Dalila Bovet (dbovet@parisnanterre.fr) et Hillary Jean-Joseph (jj.hillary@parisnanterre.fr).

Field assistant to the LuiKoatle Bonobo Project

 The LuiKotale Bonobo Project is looking for field assistants to join an international team of senior researchers, PhD students, and research assistants at the LuiKotale field site in the Democratic Republic of the Congo. Candidates will contribute to the long-term data base by collecting ranging, behavioral and ecological data for the site’s long term data. Duties include focal follows of individual bonobos; collecting and processing vegetation samples; reviewing camera trap footage; and transcribing and securing field data. Candidates will be trained by senior staff and PhD students and are expected to jointly work with assistants of different nationalities. Data are collected from focal individuals belonging to different habituated bonobo communities using a combination of hand-held Cyber tracker devices, Dictaphones, and longhand notes.

The Luikotale research site is very remote, and can only be accessed by charter plane from Kinshasa and a subsequent hike of 25 km across dense and swampy forest. There is no running water, phone coverage or internet access. Electricity is limited to power supplied by solar panels. Daily communication is restricted to text-only emails transferred via the camp’s short wave radio. However, satellite phones are available in the event of an emergency. Assistants sleep in sheltered tents and mostly eat simple, local foods (e.g., beans, manioc and rice). Both French and English are spoken in the camp.

Field conditions are physically and mentally challenging; work hours can be very long, and assistants are sometimes exposed to severe weather and tropical diseases. Team members live in close proximity to one another and have to adjust to changes in the team composition. Please carefully consider whether you will be able to cope with these conditions for an extended period before applying for this position.

Candidates express an interest in animal behavior, behavioral ecology and/or anthropology. Due to the remoteness of the field site and its challenging physical and social environment, all candidates must be (a) physically fit; (b) resistant to mental stress; (c) self-motivated and able to work with minimal supervision while out in the field; and (d) tolerant of different social customs and beliefs. Good social skills and the willingness to work as part of a team are essential. Applicants should have experience from previous field projects in tropical environments. Note that the LKBP adheres strictly to gender equality and will not tolerate any form of sexual harassment.

Candidates need a health insurance covering expenses in case of a health emergency by charter plane. Expenses for the initial entrance visa, the health insurance, and the costs for the stay in Kinshasa are not reimbursed. The project will cover costs for the long-term visa in DRC, the domestic return flight upfront, and a contribution of up to 800 Euro to the international return ticket AFTER SUCCESSFUL COMPLETION OF THE APPOINTMENT.

Salary: 300 Euro/month for the initial three months of training; 500 Euro thereafter

Term of appointment: 9-12 months, starting in September/October 2024

Applications include an updated CV, a letter of motivation that shows how the candidate meets the qualifications outlined above, references of three people (or their contact information). Applications should go to Dr. Gottfried Hohmann (hohmann@eva.mpg.de) and Prof. Barbara Fruth (bfruth@ab.mpg.de)

Information about the research and conservation activities at LuiKotale is available at

https://www.ab.mpg.de/364649/fruth

https://www.bonobo-alive.org/

COST Action on the Evolution of Affective States

In October, we will start a new COST Action, entitled "An Evolutionary View to Understanding Affective States across Species" (AFFECT-EVO) (https://www.cost.eu/actions/CA23106/). COST Actions are grants that fund networking, meetings and some exchanges of PhD students across Europe and beyond. If you are at all interested in this topic, have a look at the website. There are 4 Working Groups:

1. Advancing our fundamental understanding of affective states across species

2. Societal impacts of understanding animals’ affective states

3. Affective state assessment in the service of improved animal welfare

4. Improving treatments of affective problems across species

If you want to get involved, please apply for membership of one of the working groups (https://e-services.cost.eu/action/CA23106/working-groups/apply). At this point in time, there is no limit on how many people and who applies for membership. In October, we will start accepting the applications in the system, and as long as you make a good argument for why you want to be part of this, you should be accepted. That then puts you on the list for staying informed of all the meetings and other events organized by the Action, and potentially to attend such events, paid for by the Action.

The Action will be led from Newcastle University, and already includes over 170 people from over 30 countries, and from disciplines as diverse as evolutionary biology, animal welfare science, psychology, philosophy and sociology. There is something for everyone. 

PhD positions in animal behaviour: UK and international candidates

 

We are looking for strong candidates for fully funded PhD projects starting 01/10/2024:

1. Sleep ecology in deer: sleep is key to health, cognition and development but how it is integrated in the ecology of wild animals is a mystery. We have recently demonstrated that sleep can be studied in wild animals using cutting-edge biologgers (see Mortlock et al 2024 Proc R Soc B; Mortlock et al 2024 Anim Behav). Students on this project can take choose to address one of the following questions: (i) how do environmental conditions and maternal effects influence sleep development in row deer fawn? (ii) does reproduction suppress sleep and what costs does this entail in red deer? (iii) Does predation risk compromise sleep quantity and quality in red deer and wild boar? This project requires strong statistical skills using R; ideally experience with analysis of biologger data (triaxial accelerometers). 

2. Evolution of diversity in parental care strategies in vertebrates: this project takes a large scale comparative perspective to investigate how different care behaviours evolved with one another and in relation to ecological, environmental and social factors. We have shown how parental care diversity evolves and how it fits within species' life history strategies (Furness et al 2019 Nat Comms; Furness and Capellini 2022 Ecol Lett; Furness et 2022 PLoS Biol; West and Capellini 2016 Nat Comms). The project requires strong statistical skills in R and ideally experience with phylogenetic comparative methods.

3. Investigating the hidden life of a hider species: the behaviour of fallow deer fawns during early life. Like many other ungulates the fallow deer adopts a hider strategy; after birth fawns remain hidden and socially isolated until they are brought by the mother to the female herd. We know little of the behaviour of fawns during this hider phase. Using cutting edge triaxial accelerometery data, you will conduct a detailed investigation of the behaviour of fawns during this early period of life. TThis project requires strong statistical skills using R; ideally experience with analysis of accelerometry data. 

4. Young bucks: investigating the social and reproductive behaviour of male fallow deer during early adulthood. Young male fallow deer are competitively excluded from mating by larger more dominant individuals. During the period between fawnhood and adulthood we expect that these young males should defer reproductive investment in favour of self-maintenance and growth. This project will investigate the social and reproductive behaviour of young males during early adulthood as they prepare to take their place as the dominant males.  The project requires observational skills of animal behaviour and strong motivation to do fieldwork.

These projects are fully funded with scholarship providing stipend and a small research grant, and are open to both UK and international students from any country.

Interested students should contact Isabella Capellini (I.Capellini@qub.ac.uk) for projects 1 or 2 and Domhnall Jennings (D.Jennings@qub.ac.uk) for projects 3 and 4 with the following information:

(i) which project they are interested in and how they would like to develop it; 

(ii) why they want to do a PhD and the chosen project in particular;

(iii) what skills they already have that will help them deliver the project successfully and which skills they will need to develop;

(iv) attach their CV and transcript.

Deadline for application: Friday 12th of July at 12pm

Thèse à pourvoir (date limite de candidature : 15 juillet 2024)

Influence des pesticides sur le microbiote et le système immunitaire des oiseaux spécialistes du milieu agricole

 
Encadrement
- Karine Monceau (MCf HC, La Rochelle université, HDR) : 50%
- Jérôme Moreau (PR, La Rochelle université) : 50%
Laboratoire et équipe d’accueil
Le ou la doctorant.e sera accueilli.e au sein de l’équipe Résilience du Centre d’Études Biologiques de Chizé (CEBC, https://www.cebc.cnrs.fr) dans les Deux-Sèvres. Les travaux de terrain seront réalisés sur la Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre (https://za-plaineetvaldesevre.com).
Il ou elle sera inscrite à l’ED Euclide de La Rochelle Université. Le projet de thèse pourra commencer au
01/10/2024.
Partenaires de la thèse
- Maurice Millet Université de Strasbourg - Institut de Chimie et Procédés pour l'Énergie, l'Environnement et la Santé (partenaire spécialiste des pesticides)
- Joël White Université Toulouse 3 – Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement (partenaire spécialiste du microbiote aviaire)
Recrutement
Les candidatures doivent être envoyées à Karine Monceau (karine.monceau@univ-lr.fr) et Jérôme Moreau
(jerome.moreau@u-bourgogne.fr) dans un seul fichier PDF immatriculé avec le nom du candidat uniquement comportant :
- un CV et une lettre de motivation montrant l’adéquation au profil
- les notes de M1 et M2 (si les classements ne sont pas disponibles, merci de vous rapprocher de responsable de Master pour les obtenir)
- les coordonnées (mail et téléphone) de 2 référents susceptibles de donner un avis sur vos motivations et compétences
Contexte de la thèse
L’intensification de l’agriculture est indissociable de transformation massive de l’environnement rural concomitant avec le déclin des espèces aviaires spécialistes. Différents processus contribuent à expliquer ce déclin comme la diminution des ressources, la fragmentation/destruction de certains habitats, la mécanisation et l’usage de pesticides. Toutefois, l’impact des produits phytosanitaires sur l’avifaune a principalement été étudié au travers du déclin de la biodiversité.
Lors d’une ingestion de nourriture contaminée, la dernière barrière séparant les molécules pesticides de la physiologie des individus est le système digestif et notamment le microbiote (communautés bactériennes) intestinal. A ce jour, les effets des pesticides sur les communautés d’organismes constituant ce microbiote restent largement ignorés chez les oiseaux à l’exception de quelques études sur des espèces modèles (caille japonaise) limitant les extrapolations au compartiment sauvage. Pourtant, des modifications de la constitution du microbiote par différents types d’alimentation sont déjà observées. Néanmoins, à notre connaissance, aucune étude à ce jour ne s’est intéressée aux modifications engendrées sur le microbiote par une exposition aux pesticides. Le rôle crucial du microbiote est pourtant reconnu en santé humaine (pathologies digestives, développement de cancers) et prend de plus en plus d’ampleur, notamment en regard de la pollution chimique environnementale. La labilité importante du microbiote face aux variations environnementales serait en fait un indicateur extrêmement sensible des perturbations que subissent leurs hôtes. Compte tenu de l’implication du microbiote dans les processus liés à l’acquisition de nutriments, au système immunitaire et à la détoxication de l’organisme, il parait incontournable de l’intégrer dans à notre démarche globale visant à comprendre les mécanismes liant exposition aux pesticides et déclin des population aviaires en milieu rural. Ce cadre prend d’autant plus son sens que la problématique du lien entre microbiote intestinal, immunité et santé de l’oiseau peut être transposable sur l’humain (concept One Health, une seule santé).
Nos travaux actuels sur l’effet des pesticides sont basés sur un suivi annuel d’une population de busard cendré (Circus pygargus) nichant sur la Zone Atelier Plaine et Val de Sèvre. Notre suivi inclut des paramètres comportementaux, des mesures immunitaires et morphométriques. Ces mesures sont complétées par des prélèvement de sang et de fèces permettant d’évaluer l’exposition aux pesticides des poussins et d’analyser la composition de leur microbiote. Ce projet de thèse vise à analyser les différences de microbiote chez le busard cendré, et le lien avec le système immunitaire, afin de savoir si l’exposition aux pesticides est susceptible de modifier la structure des communautés bactériennes modulant ainsi l’immunité des poussins. Des données sont d’ores et déjà disponibles, permettant à l’étudiant.e de se plonger rapidement dans les analyses avant le terrain prévu à partir d’avril-mai 2025.
Calendrier de réalisation
La première année de la thèse sera dédiée à définir le cadre de la thèse, se familiariser avec la bibliographie et commencer l’analyse des premières données déjà acquises, en vue de l’écriture d’un premier article.
L’étudiant.e devra également préparer sa première année de terrain qui se déroulera d’avril à juillet en fonction de la population de busard. Un point sera donc réalisé au mois d’août en vue du premier comité de thèse afin de définir l’orientation de la seconde année. Durant la première année, la personne recrutée devra aussi suivre la formation Expérimentation Faune Sauvage (ExpeFS). L’étudiant.e pourra participer également à différentes actions collectives menées à la fois au sein de l’équipe et du laboratoire. De même, en fonction du souhait de l’étudiant.e, la réalisation d’enseignements au sein du département de Biologie sera aussi possible.
Compétences recherchées
Nous recherchons un.e étudiant.e avec un bagage en écologie, écologie évolutive, un goût pour les analyses statistiques (des formations sont réalisées sur sites) et la rédaction d’articles. La personne recrutée devra également avoir une bonne expérience du terrain sur la manipulation d’oiseaux (rapaces souhaités). Le travail se faisant en équipe, nous recherchons une personne montrant de bonne capacité de communication. Le permis B est obligatoire depuis plus 2 ans.

Publications de l’équipe
Bretagnolle, V., Berthet, E., Gross, N., Gauffre, B., Plumejeaud, C., Houte, S., Badenhausser, I., Monceau, K., Allier, F., Monestiez, P. & Gaba S. 2018. Towards sustainable and multifunctional agriculture in farmland landscapes: Lessons from the integrative approach of a French LTSER platform. Science of the Total Environment, 627, 822–834.
Fuentes, E., Gaffard, E., Rodrigues, A., Millet, M., Bretagnolle, V., Moreau, J. & Monceau, K. 2023. Neonicotinoids: Still present in farmland birds despite their ban. Chemosphere, 321, 138091.
Fuentes, E., Moreau, J., Millet, M., Bretagnolle, V. & Monceau, K. 2024. Organic farming reduces pesticide load in a bird of prey. Science of the Total Environment, 930, 172778.
Fuentes, E., Moreau, J., Teixeira, M., Bretagnolle, V. & Monceau, K. 2023. Effects of conventional vs. organic farming practices on raptor nestling health: Neither black nor white. Agriculture, Ecosystems and Environment, 358, 108719.
Rodrigues, A., Gaffard, A., Moreau, J., Monceau, K., Delhomme, O. & Millet, M. 2023. Analytical development for the assessment of pesticide contaminations in blood and plasma of wild birds: the case of grey partridges (Perdix perdix). Journal of Chromatography A, 1687, 463681.
Teyssier, A., Matthysen, E., Salleh Hudin, N., De Neve, L., White, J. & Lens L. 2020. Diet contributes to urban-induced alterations in gut microbiota: experimental evidence from a wild passerine. Proceedings of the Royal Society B, 287, 2019.2182