Stage Master 2 en bioinformatique
Mise en place de collecte et analyse de données de biologie
Encadrants :
- Caroline Vignet, MCF en écotoxicologie à l’université d’Albi caroline.vignet@univ-jfc.fr
- Thierry Montaut, PRAG en Maths et info à l’université d’Albi thierry.montaut@univ-jfc.fr
Structure d’accueil : Licences de Sciences de la Vie et Informatique, département Sciences et Technologies, INU Champollion, Albi
Durée : 5 mois de mi-janvier à mi-juin
Contexte :
Les licences de Sciences de la Vie (SV) et d’informatique ont commencé à établir une collaboration pérenne dans le but de faire découvrir puis monter en compétences l’ensemble des étudiants dans le domaine de la science des données, de l’apprentissage automatique et de la bio-informatique.
L’objectif principal est de créer un échange d’informations, de données et d’outils entre spécialités de biologie et d’informatique. Des modèles d’IA sont donc mis en place au sein de l’université via de l’analyse de données numériques ou d’images et de la biologie.
Cette idée est largement inspirée des travaux de Lucia Rejo, doctorante de Caroline Vignet au sein de l’équipe BTSB, qui étudie entre autres la locomotion et les comportements stéréotypés chez les planaires (petit invertébré d’eau douce ayant la capacité de se régénérer et ayant un système nerveux simplifié proche des mammifères et qui permet d’appliquer les recommandations de la règle des 3 R ; réduire, remplacer et raffiner les expérimentations sur les animaux vertébrés). Un stage de Master 1 réalisé entre mai et juillet 2022 à permis de démontrer l’apport des modèles d’apprentissage automatique dans l’étude de ces comportements.
Le but de ce stage est d’étendre ce procédé en optimisant la capture d’image et le rendu.
Objectifs et contenu du stage :
Le stagiaire aura pour mission de mettre au point un protocole complet en intégrant des data sciences et de l’IA. A l’heure actuelle, aucune des deux licences n’a de professeur spécialisé en bioinformatique et nous comptons donc sur le stagiaire pour apporter cette compétence à l’équipe. La réalisation, l’apprentissage, l’optimisation des modèles et leurs intégrations dans une application clients/serveurs seront réalisés par un stagiaire en IA avec qui il développera une étroite collaboration et qui sera recruté en parallèle.
Une fois ce travail terminé, le stagiaire doit proposer un schéma d’intégration et d’utilisation de ces outils.
Compétences demandées :
• Autonomie, rigueur et organisation.
• Compétences en analyse et traitements des grands jeux de données biologiques
• Capacité en transformation de données brutes hétérogènes en jeu de données exploitables par l’apprentissage automatique
Dossier de candidature : CV + lettre de motivation dans laquelle vous expliquerez en détails ce que vous apporterez au projet en prenant appui sur vos connaissances et/ou vos expériences en bioinformatique.
Candidature souhaitée avant le 15 décembre 2022 à envoyer à Thierry Montaut et Caroline Vignet
thierry.montaut@univ-jfc.fr et caroline.vignet@univ-jfc.fr