UNITE d'ACCUEIL à l'INRA
Département de recherche : GENETIQUE ANIMALE
Centre de recherche : TOURS
Intitulé de l'Unité : Unité de Recherches Avicoles
Nom des responsables : M. DUCLOS / E. Le Bihan-Duval
Effectifs : Chercheurs 16 / 4
Ingénieurs 11 / 0
Post Doc 1 / 0
Doctorants 11 / 2
Enseignants chercheurs 0 / 0
Nom et grade du responsable de la thèse dans l'équipe d'accueil : Elisabeth LE BIHAN-DUVAL, DR2. Equipe SAQSE (Sélection Avicole, Qualité, Sécurité alimentaire, Environnement)
Sujet de la thèse : Architecture génétique du comportement social chez la Caille et relations avec les caractères de production
Champs thématiques du Département : Recherche du déterminisme génétique des caractères observés (CT2)
Laboratoire d’accueil : INRA - UR83 Recherches Avicoles,
F-37380 Nouzilly
Encadrement : Elisabeth Le BIHAN-DUVAL (DR2, HDR)
Tel : 02.47.42.78.50 begin_of_the_skype_highlighting 02.47.42.78.50 end_of_the_skype_highlighting ; Fax : 02.47.42.77.78
Courriels: lebihan@tours.inra.fr
Projet de thèse
Au dela de l’amélioration des pratiques d’élevage, celle du bien-être des animaux peut passer par la recherche d’individus plus adaptables aux variations de l’environnement. Le comportement social des animaux, en partie controlé par la génétique, est un facteur critique pour l’adaptation des animaux à un élevage en grands groupes qui peut notamment exacerber les comportement agressifs ou de picage entre animaux.
Le projet de thèse vise à identifier les régions du génome (ou QTL) responsables de la variation du comportement social et des comportements de peur en relation avec les caractères de production (croissance et ponte) chez la Caille. Il s’appuiera sur les données obtenues dans le cadre du projet ANR SNP-BB (SNP mapping of Quantitative Trait Loci for social Behaviour and production traits in Bird) coordonné par C. Leterrier (PRC, Nouzilly) et impliquant les équipes de génétique moléculaire pour le développement des marqueurs (F. Pitel, A. Vignal, LGC, Toulouse) et de génétique statistique pour la détection des QTL (E. Duval, C. Beaumont, URA, Nouzilly).
Les QTL impliqués seront recherchés au sein de lignées divergentes de caille sélectionnées pendant plus de 40 générations sur la motivation sociale au travers du test du tapis roulant. Ce dernier consiste à placer un cailleteau au milieu d’un tapis roulant, à l’extrémité duquel est placé un groupe de congénères. Lorsque l’animal se déplace pour rejoindre ses congénères, le tapis est déclenché en sens inverse et on mesure la distance parcourue par le cailleteau pendant un temps donné comme un indicateur de sa motivation sociale. Après 26 générations de sélection, les animaux de la lignée “sociale” (S+) parcouraient une distance près de 25 fois supérieure à celle des animaux de la lignée “non sociale” (S-). D’autres types de tests ont montré qu’il existait une réelle différence de motivation sociale entre les lignées et pas uniquement une différence d’aptitude à la course. Cependant, les animaux S- semblent plus sensibles aux stress sociaux et, avec l’âge, peuvent présenter davantage de comportements agressifs.
La première étape de la thèse consistera en une analyse multivariée des caractères mesurés au sein d’un croisement de seconde génération entre les lignées divergentes. Celle-ci permettra de comprendre les relations entre caractères et d’identifier d’éventuels indicateurs composites du comportement (expliquant au mieux les différences entre individus). Ces résultats seront mis à profit pour initier la recherche des régions chromosomiques sur plus de 800 descendants F2 phénotypés et génotypés (ainsi que leurs parents et grand-parents) à l’aide d’un minimum de 384 marqueurs génétiques (de type SNP). Des logiciels tels que QTLMAP et QTLExpress seront mis en oeuvre pour avoir une détection aussi exhaustive que possible des QTL expliquant les différences de comportement entre les lignées. Ces analyses permettront également d’identifier d’éventuelless régions pléiotropes controlant plusieurs caractères (de comportement ou de production) à la fois. Dans une seconde étape, une phase de raffinement des QTL les plus importants sera réalisée en collaboration avec Toulouse pour le développement de nouveaux marqueurs dans les régions d’intérêt.
Le sujet de thèse demandera à l’étudiant de s’insérer au sein d’un programme multidisciplinaire regroupant des compétences en génétique (statistique et moléculaire) et en comportement. L’étudiant devra avoir un goût proncé pour la biologie et l’analyse des données. Au dela, il sera amené à travailler en collaboration avec les équipes de Toulouse (LGC) pour les aspects moléculaires (établissement des cartes génétiques, recherches de polymorphismes...), de Tours (PRC) pour la connaissance des caractères de comportement et de Jouy (GABI) pour l’analyse des caractères de production chez la Caille. Le sujet permettra à l’étudiant de se former aux approches de génomique dont les perspectives sont nombreuses pour la sélection animale mais aussi pour la compréhension des gènes impliqués dans des caractères complexes tels que les comportements.
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Elisabeth Le BIHAN-DUVAL :Le sujet est proposé au sein de mon équipe, rattachée au département de Génétique Animale de l'INRA, et dont la thématique est l'étude de la qualité des produits en relation avec l'adaptation (dont les caractères de comportement). Nous attendons encore la réponse sur le co-financement régional (mais nous sommes très confiants).